快速评价肠道微生物的qPCR方法的建立

作     者：梁海慧 张扬 边爱淑 周凡入 李学龙 张秀峰 尹秀山 LIANG Haihui;ZHANG Yang;BIAN Aishu;ZHOU Fanru;LI Xuelong;ZHANG Xiufeng;YIN Xiushan

作者机构：沈阳化工大学制药与生物工程学院辽宁沈阳110142 沈阳医学院附属二四二医院消化内科辽宁沈阳110034 鉴微(沈阳)生物科技有限公司辽宁沈阳110044 

基　　金：辽宁省振兴人才计划(XLYC2002027) 

出 版 物：《微生物学通报》 (Microbiology China)

年 卷 期：2023年第50卷第11期

页      码：5045-5057页

摘      要：【背景】近些年,16S rRNA基因测序与宏基因组分析常用于肠道微生物病原体检测。【目的】为了使检测不受限于高成本与耗时长的问题,基于荧光探针的实时荧光定量PCR(real-time fluorescence quantitative PCR,qPCR),建立一种评估人类肠道微生物群组成的平台用于检测肠道微生物丰度。【方法】从公共数据库筛选10种肠道中普遍存在的微生物分类群,使用20个粪便样本验证为10种靶标所设计的特异性引物与探针,最后通过比较qPCR方法和16S rRNA基因测序技术的检测结果来评估该平台的有效性。【结果】10对引物及其探针对靶标分类群具有特异性并且在HITdb数据库中靶向菌种的覆盖率超过70%;样本检测结果的变异系数(coefficient of variation,CV)小于10%,证明了该方法具有很高的稳定性;qPCR方法检测样本中物种的相对丰度与16S rRNA基因序列生物信息学分析结果大部分具有显著相关性(P<0.05)。【结论】本研究根据HITdb数据库设计的靶向微生物群的引物和探针检测到的粪便样本中微生物的相对丰度结果与16S rRNA基因测序结果相吻合,可以提供精确且低成本的肠道微生物群分析基础,同时也为临床诊断制定治疗方案提供了快速有效的参考信息。

主 题 词：肠道微生物 16S rRNA qPCR 菌群丰度 

学科分类：1010[医学-医学技术类] 10[医学] 

核心收录：

D　O　I：10.13344/j.microbiol.china.230264

馆 藏 号：203124401...