Pool-ARMS:一种高效检测混合遗传样本中特定单核苷酸变异的方法

作     者：曹丽淼 谭瑗瑗 汪庆 钱秋 于清涛 舒庆尧 CAO Limiao;TAN Yuanyuan;WANG Qing;QIAN Qiu;YU Qingtao;SHU Qingyao

作者机构：浙江大学现代种业研究所/水稻生物育种全国重点实验室浙江杭州310058 浙江大学新农村发展研究院浙江杭州310058 无锡哈勃生物种业技术研究院有限公司江苏无锡214100 哈尔滨市农业科学院黑龙江哈尔滨150029 浙江省作物种质资源重点实验室浙江杭州310058 

基　　金：科技部十四五重点研发计划项目(2022YFD1200702) 哈尔滨市科技项目(GJ2021TZ002007) 

出 版 物：《核农学报》 (Journal of Nuclear Agricultural Sciences)

年 卷 期：2024年第38卷第2期

页      码：235-242页

摘      要：单核苷酸变异(SNV)是控制人类疾病和动植物经济性状的遗传基础之一,经济、简便和高效的检测体系可助力遗传病筛查和植物碱基编辑与诱变群体中携带SNV的个体的定向筛选。本研究根据扩增阻滞突变系统PCR(ARMS-PCR)的原理,设计了一种适合在水稻混合样本中筛选特定SNV个体的方法 Pool-ARMS。该方法的要点是:设计聚合酶链式反应(PCR)引物、建立特异性扩增携带SNV片段的PCR程序;分析不同组织和样品混合比例提取DNA的扩增效果;建立筛选特定SNV的Pool-ARMS体系。以控制光周期敏感性雄性不育(PGMS)水稻的两个基因为例,通过优化PCR引物和反应程序,建立了利用叶片和芽鞘组织混样提取DNA检测突变的体系,前者突变检出水平为1∶49,后者为1∶24。利用该技术体系对63份碱基编辑水稻幼苗进行检测,结果与Sanger测序分析一致。本研究建立的Pool-ARMS方法有望应用于包括水稻在内的动植物单碱基编辑群体和理化诱变群体中目标变异的定向筛选。

主 题 词：变异检测 碱基编辑 诱发突变 单核苷酸变异 水稻 

学科分类：0710[理学-生物科学类] 071010[071010] 081704[081704] 07[理学] 08[工学] 0817[工学-轻工类] 09[农学] 0901[农学-植物生产类] 

核心收录：

D　O　I：10.11869/j.issn.1000-8551.2024.02.0235

馆 藏 号：203125258...