芍药种子转录组SSR特点分析

作     者：穆赢通 路景诗 贾俊英 张晓明 李晓杰 王俊杰 MU Yingtong;LU Jingshi;JIA Junying;ZHANG Xiaoming;LI Xiaojie;WANG Junjie

作者机构：内蒙古农业大学草原与资源环境学院内蒙古自治区中蒙药材良种育繁工程技术研究中心呼和浩特010019 内蒙古民族大学农学院内蒙古自治区高校中(蒙)药材生态种植工程研究中心(培育)内蒙古通辽028000 

基　　金：内蒙古自然科学基金(2019MS03052) 内蒙古自然科学基金(2019MS08168) 六种特色蒙药材原生态种植关键技术研究与示览(2021GG0327) 

出 版 物：《种子》 (Seed)

年 卷 期：2023年第42卷第11期

页      码：49-53,67页

摘      要：为了解芍药种子转录组中简单重复序列SSR的分布特点,充分开发SSR分子标记,本研究对芍药种子进行转录组测序、SSR位点分析与引物设计。结果表明,芍药种子转录组共获得63992条Unigene,总长64666285 bp,搜索得到11637个SSR位点,发生频率14.94%。在所有SSR位点中有6种重复类型,以单核苷酸(51.64%)和二核苷酸(32.48%)重复类型为主,其中A/T类型和AG/CT类型SSR位点数占SSR总数的71.03%。SSR重复次数范围为5~11次,其中以5次和10次为主。SSR序列长度主要集中在10~20 bp,占总数的84.04%。针对SSR位点,共有10925个SSR位点符合要求,成功率为93.88%,共设计出32775对引物。芍药种子转录组SSR位点丰富,该研究可为种质资源的挖掘与保护、优良品种选育和数量性状基因座定位提供参考。

主 题 词：芍药种子 转录组 SSR 

学科分类：090706[090706] 0907[农学-草药学] 09[农学] 

D　O　I：10.16590/j.cnki.1001-4705.2023.11.049

馆 藏 号：203125387...