基于子块矩阵马尔可夫聚类识别动态蛋白质相互作用网络功能模块

作     者：张锦雄 潘扬健 孟雪莉 唐伊红 巴依提力·努尔旦艾力 王鑫 左振文 陈清华 郭顶亮 韦冰冰 陈陆坤 ZHANG Jinxiong;PAN Yangjian;MENG Xueli;TANG Yihong;Bayitili NUERDANAILI;WANG Xin;ZUO Zhenwen;CHEN Qinghua;GUO Dingliang;WEI Bingbing;CHEN Lukun

作者机构：广西大学计算机与电子信息学院南宁530004 广西高校并行分布与智能计算重点实验室南宁530004 

基　　金：国家自然科学基金(62362004)资助 

出 版 物：《基因组学与应用生物学》 (Genomics and Applied Biology)

年 卷 期：2024年第43卷第2期

页      码：217-227页

摘      要：细胞生物过程具有时序动态性,蛋白质功能模块是驱动细胞生物过程的功能单位。为了蛋白质功能模块识别,本文将细胞生物过程建模为动态时序表达相关蛋白质相互作用网络(DTEPIN);构建子块矩阵以表示动态时序表达相关蛋白质相互作用网络;利用子块矩阵特殊性,分析时空复杂度和并行性;优化设计马尔可夫聚类算法,以识别动态时序表达相关蛋白质相互作用网络中的蛋白质功能模块。为了支持基于子块矩阵马尔可夫聚类过程,本文运用图形处理器并行计算矩阵乘积。实验结果表明,与已有同类算法相比,所设计算法识别的蛋白质功能模块,统计匹配质量更高且精确匹配数量更多。

主 题 词：蛋白质功能模块 蛋白质-蛋白质相互作用 动态时序表达 马尔可夫聚类 GPU并行计算 

学科分类：0831[工学-公安技术类] 0711[理学-心理学类] 07[理学] 08[工学] 

D　O　I：10.13417/j.gab.043.000217

馆 藏 号：203126682...