基于Nanopore测序技术的非洲猪瘟病毒全基因组测序方法建立

作     者：周扬 吴炜姿 曹伟胜 王福广 许秀琼 钟文霞 吴立炀 叶健 卢受昇 ZHOU Yang;WU Weizi;CAO Weisheng;WANG Fuguang;XU Xiuqiong;ZHONG Wenxia;WU Liyang;YE Jian;LU Shousheng

作者机构：广东省动物疫病预防控制中心广州510230 华南农业大学兽医学院广州510642 

出 版 物：《畜牧兽医学报》 (ACTA VETERINARIA ET ZOOTECHNICA SINICA)

年 卷 期：2024年第55卷第5期

页      码：2080-2089页

摘      要：非洲猪瘟(ASF)是由非洲猪瘟病毒(ASFV)引起的一种高度传染性和致死性疫病,近年来给我国生猪产业的健康发展造成了沉重打击。ASFV庞大的基因组导致人们难以及时掌握流行毒株的全基因组序列。本研究旨在利用Nanopore三代测序技术建立一种简便可靠的ASFV全基因组测序方法。设计覆盖ASFV全基因组的31对引物并分为4个引物池对样本进行扩增,通过Nanopore测序技术对扩增产物进行测序,进一步优化相关生物信息学分析方法,最终成功建立了ASFV全基因组测序方法。应用该方法成功从某环境拭子样本中获取一株全长为189 416 bp的ASFV全基因组测序。经一代测序验证表明,在B646L、EP402R、E183L、MGF_360-12L、MGF_505-3R和I177L等关键基因及部分变异位点上,本方法结果与一代测序结果一致性100%;在全基因组水平上,本方法结果与二代测序结果一致性为99.94%。此外,在这项研究中,采用Nanopore测序技术发现了NP1450L基因与NP419L基因间区存在56 bp的重复序列插入(通过一代测序技术进行了验证),但是二代测序未能发现这一显著的变异特征。本研究成功建立了基于Nanopore技术的ASFV全基因组测序方法,该方法具有良好的简便性和可靠性,为当前ASF的防控和分子流行病学研究提供了一个重要手段。

主 题 词：Nanopore测序 非洲猪瘟病毒 生物信息学分析 

学科分类：090601[090601] 09[农学] 0906[农学-水产类] 

核心收录：

D　O　I：10.11843/j.issn.0366-6964.2024.05.026

馆 藏 号：203126721...