基于高通量测序的北柴胡根转录组SSR位点信息分析

作     者：王彬彬 高妍夏 郭欣慰 纪宏亮 王敬 王晖 WANG Binbin;GAO Yanxia;GUO Xinwei;JI Hongliang;WANG Jing;WANG Hui

作者机构：河北省高校特产桑蚕应用技术研发中心河北承德067000 承德医学院蚕业研究所河北承德067000 中国医学科学院药用植物研究所北京100193 

基　　金：河北省自然科学基金(H2022406031) 河北省高等学校科学技术研究项目(QN2021005) 河北省中医药管理局科研计划(2022160,2023138) 河北省科技厅大中学生科技创新能力培育专项(22E50267D,22E50270D) 承德医学院校级课题(202310) 河北省科技厅“技术创新引导专项-科技工作会商” 

出 版 物：《西北农业学报》 (Acta Agriculturae Boreali-occidentalis Sinica)

年 卷 期：2024年第33卷第4期

页      码：707-717页

摘      要：以北柴胡根为试材,采用高通量转录组测序方法,获得uingene序列信息,研究分析SSR分布、基元特征,设计、验证EST-SSR引物的有效性,为开发、丰富EST-SSR分子标记奠定基础。结果表明:从北柴胡根转录组中共筛选到31176个SSR位点,分布于21732条unigenes,出现的频率为20.08%,分布密度为3.20个/10 kb,主要重复基元类型以二核苷酸最为丰富,共21056个,占SSR位点总数的67.54%;其次是单核苷酸和三核苷酸,分别占总SSR的19.05%和12.07%;四核苷酸~六核苷酸重复基元数量均较少。不同核苷酸基序类型共有131种基元,重复基元次数在5~11次的数量最多,占SSR总数的91.7%,且长度基本小于15 bp,其中AT/AT和AC/GT这两种基元在二核苷酸中出现频率最高。2064条和1004条含有SSR位点的unigenes分别注释到GO和KEGG通路,获得注释的基因功能主要与基础代谢相关。从22090对具有潜在多态性的EST-SSR引物中,随机挑选20对引物对3个北柴胡种质DNA进行PCR扩增,扩增成功率最高达85%。北柴胡根转录组SSR位点丰富、可用性较强,将促进柴胡的种质资源评价及分子标记辅助育种等工作。

主 题 词：北柴胡 根 转录组 SSR 位点信息 

学科分类：1008[医学-中药学类] 10[医学] 

核心收录：

D　O　I：10.7606/j.issn.1004-1389.2024.04.013

馆 藏 号：203127427...