蒙古莸叶绿体基因组微卫星位点分析及引物筛选

作     者：刘雅璐 叶冬梅 包文泉 林涛 范宇阳 张素毓 Liu Yalu;Ye Dongmei;Bao Wenquan;Lin Tao;Fan Yuyang;Zhang Suyu

作者机构：内蒙古农业大学林学院呼和浩特010019 

基　　金：内蒙古自治区科技计划项目(201802109)资助 

出 版 物：《分子植物育种》 (Molecular Plant Breeding)

年 卷 期：2024年第22卷第11期

页      码：3646-3653页

摘      要：本研究旨在为蒙古莸在分子水平上提供理论依据,以便对濒危稀有种制定科学的保护策略。本研究下载GenBank数据库公布的蒙古莸叶绿体基因组信息,利用生物信息学对蒙古莸叶绿体基因组进行cpSSR分析。利用MISA软件全面搜索蒙古莸叶绿体基因组SSR分子标记,并对其分析;运用Primer Premier 3.0设计并筛选多态性较好的引物用于后续研究。在全长151 707 bp的蒙古莸叶绿体基因组中,共鉴定出31个cpSSR位点,位点间平均分布距离为4 893.77 bp,其中以单核苷酸重复为主,且主要分布于LSC区,占SSR位点总数的74.19%;其次是四核苷酸重复,分布于LSC及SSC两区,占SSR位点总数的19.35%,分布最少为三核苷酸,仅占总位点数的3.23%。将所有31个位点合成31对叶绿体微卫星引物,通过毛细管电泳检测,最终筛选出8对多态性引物。此外,挑选多态性好的马鞭草EST-SSR引物,扩增结果产生非特异性条带,且与马鞭草扩增片段范围相差较大。基于软件的参数设置,单核苷酸重复数量占比最多,三核苷酸重复占比最少;从31对引物筛选出8对多态性引物,扩增率达100%,多态率为26%;此外,马鞭草与蒙古莸的扩增条带范围相差较大,说明二者有较大差异的遗传背景。在此基础上,本研究为后续蒙古莸的种质鉴定、系统发育、群体遗传进化分析提供理论依据。

主 题 词：植物学 蒙古莸 叶绿体基因组 SSR分子标记 微卫星引物 

学科分类：0907[农学-草药学] 08[工学] 0829[工学-安全科学与工程类] 09[农学] 

D　O　I：10.13271/j.mpb.022.003646

馆 藏 号：203127490...