基于dCasMINI蛋白的CRISPRi工具设计及其效果探究

作     者：陈信文 曹佳璇 饶书权 CHEN Xinwen;CAO Jiaxuan;RAO Shuquan

作者机构：中国医学科学院血液病医院(中国医学科学院血液学研究所)、血液与健康全国重点实验室国家血液系统疾病、临床医学研究中心、细胞生态海河实验室天津300020 天津医学健康研究院天津301600 

基　　金：天津市自然科学基金(21JCQNJC01220) 

出 版 物：《基础医学与临床》 (Basic and Clinical Medicine)

年 卷 期：2024年第44卷第6期

页      码：821-827页

摘      要：目的探索基于去活化CasMINI蛋白(dCasMINI)的CRISPR干扰(CRISPRi)工具设计及其转录抑制效果评估。方法采用四环素诱导基因开启系统(tet-on),流式细胞测量术和实时荧光定量反转录聚合酶链反应从质粒基因、基因组外源性基因位点和内源性基因位点三个层次评估dCasMINI系统在哺乳动物细胞中的转录抑制效果,并进一步设计和比较6种dCasMINI-CRISPRi工具(dCasMINI、dCasMINI-ZIM3 KRAB、dCasMINI-KRAB-MeCP2、dCasMINI-ZNF324 KRAB、dCasMINI-3x KRAB和dCasMINI-Com-KRAB-MeCP2)和不同位置单链引导RNA(single guide RNA,sgRNA)的转录抑制效果。结果dCasMINI、dCasMINI-ZIM3 KRAB、dCasMINI-KRAB-MeCP2、dCasMINI-ZNF324 KRAB、dCasMINI-3x KRAB和dCasMINI-Com-KRAB-MeCP2能够不同程度地抑制质粒基因、基因组外源性基因的转录(P<0.05);dCasMINI-ZIM3 KRAB、dCasMINI-KRAB-MeCP2、dCasMINI-ZNF324 KRAB和dCasMINI-Com-KRAB-MeCP2能够不同程度地抑制内源性基因的转录(P<0.05);不同结合位点的sgRNA具有不同的转录抑制效果(P<0.05)。结论CasMINI系统能够改造成多种CRISPRi工具进行基因敲降研究,未来有望应用在多个场景,如原代细胞表观基因编辑、体内筛选和临床治疗等。

主 题 词：CRISPR干扰 dCasMINI 敲降 四环素诱导基因开启系统(tet-on) 

学科分类：1001[医学-基础医学] 10[医学] 

D　O　I：10.16352/j.issn.1001-6325.2024.06.0821

馆 藏 号：203127966...