基于表型性状和SNP标记构建桂花主要品种资源的分子身份证

作     者：王一涵 刘姣姣 金沛权 李书情 魏建芬 郭朋 尚富德 WANG Yihan;LIU Jiaojiao;JIN Peiquan;LI Shuqing;WEI Jianfen;GUO Peng;SHANG Fude

作者机构：河南农业大学生命科学学院河南省桂花种质创新与资源利用工程研究中心河南郑州450046 杭州桂花国家种质资源库浙江杭州310020 

基　　金：国家自然科学基金项目(32371911) 河南省重大公益专项(201300110900) 

出 版 物：《南京林业大学学报（自然科学版）》 (Journal of Nanjing Forestry University：Natural Sciences Edition)

年 卷 期：2024年第48卷第4期

页      码：12-24页

摘      要：【目的】筛选核心单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点,建立基于KASP平台的桂花(Osmanthus fragrans)品种基因型快速检测方法,构建品种特异性分子身份证,为桂花品种鉴定、溯源、知识产权保护等提供理论基础。【方法】实地调查主流桂花栽培品种的重要表型特征。通过两轮严格筛选,从基因组SNP中保留一组能够完全鉴别测序品种的最优SNP标记,计算SNP位点的多态信息含量(PIC)、期望杂合度(He)等信息。以‘日香桂’(‘Rixianggui’)基因组为参考,设计桂花特异性KASP引物并进行批量扩增,根据基因分型结果建立品种指纹图谱,评估核心SNP标记的品种鉴别力。结合品种表型信息码和品种分子指纹码构建桂花品种资源的分子身份证。【结果】筛选出14个能够完全鉴别测序品种的核心SNP位点。各位点PIC值的变化范围为0.246~0.375,平均值为0.335;He的变化范围为0.288~0.500,平均值为0.431。针对核心位点设计的KASP引物基因分型准确。根据扩增结果构建DNA指纹图谱,可区分全部包括未测序品种在内的90个参试品种。对品种表型特征赋值,结合指纹码构建由34位数字组成的桂花品种资源分子身份证。【结论】确定了SNP1—SNP14共14个核心SNP位点,能够实现至少90个桂花品种的有效鉴别。结合品种群类型、表型特征和分子指纹码构建了90个桂花品种的唯一分子身份证,并生成对应的条形码和二维码。

主 题 词：桂花 品种鉴别 单核苷酸多态性 表型性状 分子身份证 

学科分类：090706[090706] 0907[农学-草药学] 09[农学] 

核心收录：

D　O　I：10.12302/j.issn.1000-2006.202405026

馆 藏 号：203130828...