草珊瑚叶片转录组特征分析及活性成分合成相关基因挖掘

作     者：蓝祖栽 胡营 闫志刚 李刚 韦筱媚 韦桂丽 马梅冰 唐美琼 LAN Zuzai;HU Ying;YAN Zhigang;LI gang;WEI Xiaomei;WEI Guili;MA Meibing;TANG Meiqiong

作者机构：广西壮族自治区药用植物园、国家中医药传承创新中心、西南濒危药材资源开发国家工程研究中心、广西药用资源保护与遗传改良重点实验室/广西壮族自治区中药资源智慧创制工程研究中心广西南宁530023 

基　　金：广西科技重大专项(桂科AA22096021) 广西创新驱动发展专项(桂科AA18242040) 广西药用植物保育人才小高地自主研究项目(GXYYXGD202201) 

出 版 物：《中草药》 (Chinese Traditional and Herbal Drugs)

年 卷 期：2024年第55卷第14期

页      码：4860-4870页

摘      要：目的探索草珊瑚Sarcandra glabra叶片活性成分生物合成分子基础,合理的开发利用草珊瑚资源。方法采用BGISEQ-500测序平台测定草珊瑚叶片的转录组,对经过滤和Trinity组装得到的unigene进行生物信息学分析。结果共获得了75862个unigenes,平均长度980 bp,其中42369个unigenes在7大公共数据库中得到成功注释,占总基因数的55.85%。21801个unigenes被注释于细胞组分、分子功能和生物学过程3大类共55个GO条目京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集到2条可能与药效物质形成密切相关的通路,分别是萜类和聚酮化合物的代谢和其他次生代谢物生物合成。通过进一步挖掘发现,其中47个unigenes可能参与萜类化合物骨架生物合成,14个unigenes可能参与倍半萜类化合物生物合成,62个unigenes可能参与黄酮类化合物生物合成。另外,转录组序列中共检测到19690个SSR位点,其中二核苷酸重复类型所占比例最高,达到了46.63%;针对所有的SSR位点,共设计出11209对引物。结论很好地扩展了草珊瑚的转录组信息,为进一步解析草珊瑚活性成分生物合成途径提供了基因资源,促进草珊瑚分子育种的研究。

主 题 词：草珊瑚 转录组 次生代谢 生物合成 SSR 

学科分类：1008[医学-中药学类] 1006[医学-中西医结合类] 100602[100602] 10[医学] 

核心收录：

D　O　I：10.7501/j.issn.0253-2670.2024.14.022

馆 藏 号：203132455...