生物信息学预测GPIIb/IIIa抗体CTL、Th的混合表位

作     者：李章球 胡海燕 刘顺会 张梅霞 陆志刚 Li Zhang-qiu;Hu Hai-yan;Liu Shun-hui;Zhang Mei-xia;Lu Zhi-gang

作者机构：南方医科大学附属珠江医院血液科广东省广州市520282 暨南大学生物信息学教研室广东省广州市510632 南方医科大学附属珠江医院输血科广东省广州市520282 

基　　金：广东省自然科学基金(07005195) 广东省医学科学技术研究基金(WSTJJ20061116440105196211238024)~~ 

出 版 物：《中国组织工程研究与临床康复》 (Journal of Clinical Rehabilitative Tissue Engineering Research)

年 卷 期：2009年第13卷第4期

页      码：709-712页

摘      要：背景:GPIIb/IIIa是特发性血小板减少性紫癜患者最常见的血小板糖蛋白,已证实该蛋白独特型抗体结合血小板后会激活补体,破坏血小板。目的:以GPIIb/IIIa抗体为靶抗原,应用生物信息学软件对其CTL、Th细胞表位进行多参数预测。设计、时间及地点:开放性实验,于2008-03/08在珠江医院血液科实验室完成。材料:GPIIb/IIIa抗体的氨基酸序列由GENBANK公司提供。方法:分别应用SYFPEITHI,RANKPEP,BIMAS,SVMHC,PREDEP,MHCPRED,PROPRED软件对人和鼠源的血小板糖蛋白GPIIb/IIIa抗体蛋白进行HLA-A*0201,HLA-A*1101,HLA-A*2401限制性表位预测,经去除能引起自身免疫的已发表的多肽,取前者覆盖后二者的多肽为混合CTL表位,再联合软件predTAP、TAPPred的TAP结合预测结果,以及NetChop、MAPPP、PAProC软件的蛋白酶切位点预测结果,取能包含二者的多肽为CTL修正表位。用基于肽MHC-Ⅱ结合的算法Syfpeithi,RANKPEP,Mhcpred,HLAPRED进行HLA-DR的Th表位预测,最后取Th表位覆盖CTL修正表位,得到CTL、Th细胞混合表位。结果:从1740条多肽中筛选出5条人源抗人血小板糖蛋白GPIIb/IIIa抗体的CTL、Th细胞混合表位肽,即Anti-GPIIb/IIIa-Human的第1-15,24-38,50-64,65-81,109-121位;筛选出5条鼠源抗人血小板糖蛋白GPIIb/IIIa抗体的CTL、Th细胞混合表位肽,即Anti-GPIIb/IIIa-Mice的第1-15,26-40,46-60,68-82,93-107位。结论:根据血小板糖蛋白GPIIb/IIIa抗体预测的CTL、Th细胞优势抗原表位,可用于制备特异性抗体,可成为特发性血小板减少性紫癜新疫苗研究的靶点。

主 题 词：抗原表位 生物信息学 特发性血小板减少性紫癜 

学科分类：0710[理学-生物科学类] 0831[工学-公安技术类] 1007[医学-药学类] 0403[0403] 1002[医学-临床医学类] 08[工学] 1010[医学-医学技术类] 0703[理学-化学类] 0836[0836] 

馆 藏 号：203132644...