辣椒EST-SSRs分布特征及其应用

作     者：支莉 王述彬 刁卫平 刘金兵 潘宝贵 戈伟 于彩云 ZHI Li;WANG Shu-bin;DIAO Wei-ping;LIU Jin-bing;PAN Bao-gui;GE Wei;YU Cai-yun

作者机构：南京农业大学园艺学院江苏南京210095 江苏省农业科学院蔬菜研究所江苏南京210014 

基　　金：国家"863"计划(2006AA100108-3-2 2008AA10Z150) 国家科技支撑计划(2008BADB1B04) 江苏省科技支撑计划(BE2009309) 公益性行业(农业)科研专项(200903025) 国家大宗蔬菜产业技术体系 淮安综合试验站(Nycytx-35-syz28) 江苏省农业科技自主创新基金项目[CX(09)603] 江苏省科技基础设施建设计划(BM2008008) 

出 版 物：《江苏农业学报》 (Jiangsu Journal of Agricultural Sciences)

年 卷 期：2010年第26卷第6期

页      码：1323-1328页

摘      要：从NCBI数据库获得116 952条辣椒ESTs序列,通过软件除去赝象序列后得86 496条非冗余序列,利用SSRLoctor软件分析后共发现1 736个微卫星分布于1 658条ESTs序列中,EST-SSRs序列出现频率为1.92%。在辣椒EST-SSRs中,二核苷酸重复类型出现频率最高,占总SSR的56.4%,其次是三核苷酸重复类型,占总SSR的23.3%。共检测到149种基序重复类型,重复基序出现频率最高的为GA/TC,AG/CT次之。1 658条EST序列中可设计出引物810对,功能注释结果表明,具有生物进程、细胞组成和分子功能的EST序列分别为297条、271条和316条。随机选择100对EST-SSR引物对17份辣椒材料进行遗传多样性分析,结果表明,80对EST-SSR引物能够得到有效扩增,其中46对引物表现出多态性扩增,每对引物检测到等位基因数1~3个,平均1.9个。经由NT-SYS2.10软件聚类,在相似系数为0.718时,供试的17份辣椒种质资源分为6个亚类,表明开发的EST-SSR可用于辣椒种质资源遗传多样性分析。

主 题 词：辣椒 EST-SSR 标记开发 功能注释 遗传多样性 

学科分类：09[农学] 0902[农学-自然保护与环境生态类] 090202[090202] 

D　O　I：10.3969/j.issn.1000-4440.2010.06.037

馆 藏 号：203133333...