山鸡椒1-脱氧木酮糖-5-磷酸还原异构酶DXR基因的克隆和SNP分析

作     者：刘英冠 吴庆珂 何关顺 汪阳东 杨素素 陈益存 高暝 LIU Ying-guan;WU Qing-ke;HE Guan-shun;WANG Yang-dong;YANG Su-su;CHEN Yi-cun;GAO Ming

作者机构：中国林业科学研究院亚热带林业研究所浙江富阳311400 广西壮族自治区田林县林业局广西田林533300 

基　　金：国家自然科学基金项目(31370576) 

出 版 物：《林业科学研究》 (Forest Research)

年 卷 期：2015年第25卷第1期

页      码：93-100页

摘      要：在转录组测序结果分析基础上,以山鸡椒c DNA为模板,克隆得到山鸡椒1-脱氧木酮糖-5-磷酸还原异构酶DXR基因c DNA全长,以山鸡椒基因组DNA为模板,设计引物、扩增拼接后获得山鸡椒DXR基因全长,命名为Lc DXR。序列分析表明,Lc DXR c DNA全长为1 501 bp,5’非编码区长34 bp,3’非编码区长53 bp,开放阅读框长1 413 bp,预测编码含有470个氨基酸残基的蛋白质,等电点为6.62,分子量为51.12 k D。Lc DXR基因全长为12 601bp,其中外显子12个,内含子11个。对来自10个种源的Lc DXR基因编码区单核苷酸变异位点进行分析表明:在c DNA区间内共发现10个SNP(single nucleotide polymorphism)位点,其中有4个单核苷酸变异导致了所编码的氨基酸的改变,为了分析氨基酸突变导致的蛋白质精细结构的变化,利用Swiss-PDB Viewer模拟4个突变位点氨基酸残基的替换。其中江西安远(AY)的突变Lys119Thr引起了氢键的变化,推测可能对酶的活性产生影响。研究结果为深入研究山鸡椒脱氧木酮糖5-磷酸还原异构酶的活性和功能奠定了基础,同时为山鸡椒遗传育种提供理论依据。

主 题 词：山鸡椒 DXR 基因克隆 SNPs 

学科分类：0710[理学-生物科学类] 0830[工学-生物工程类] 090701[090701] 0907[农学-草药学] 07[理学] 0829[工学-安全科学与工程类] 09[农学] 071007[071007] 0901[农学-植物生产类] 0902[农学-自然保护与环境生态类] 0713[0713] 

核心收录：

D　O　I：10.13275/j.cnki.lykxyj.2015.01.015

馆 藏 号：203134090...