青钱柳全基因组SSR位点分析及多态性引物开发

作     者：刘莉 瞿印权 余延浩 王倩 洑香香 LIU Li;QU Yinquan;YU Yanhao;WANG Qian;FU Xiangxiang

作者机构：南京林业大学林草学院江苏南京210037 上海市浦东新区林业站上海200120 

基　　金：国家自然科学基金项目(31971642) 中央财政林业科技推广示范项目(皖TG13号) 

出 版 物：《南京林业大学学报（自然科学版）》 (Journal of Nanjing Forestry University：Natural Sciences Edition)

年 卷 期：2024年第48卷第4期

页      码：67-75页

摘      要：【目的】通过对青钱柳全基因组序列分析,开发基因组SSR分子标记;尝试构建19个青钱柳优良药用无性系的DNA分子身份证,为后续种质资源评价、遗传多样性和种质鉴定提供技术支撑。【方法】利用MISA(microsatellite identification tool)软件对青钱柳全基因组进行SSR位点搜寻、筛选、识别及富集分析,采用Primer 3.0进行SSR引物设计;用重复性和稳定性高的SSR标记构建青钱柳无性系的识别系统。【结果】(1)从全基因组中共检测出89741个SSR位点,SSR位点的发生频率为62.07%。(2)基因组SSR位点中单核苷酸重复单元比例最高,占总SSR位点的62.67%;六核苷酸重复单元比例最低,占0.15%;SSR位点的重复基序大多以(A/T)n为主。(3)单核苷酸和二核苷酸重复类型的SSR位点基序重复次数集中在6~16次;随重复次数增加,各SSR位点重复类型出现频率均呈下降趋势。(4)基因组SSR序列长度介于10~476 bp,不同类型重复单元的SSR序列长度存在变异性;随着重复次数的增加,SSR序列出现的频率整体呈下降趋势。(5)利用Primer 3.0成功设计出78285对SSR引物;合成的377对中有75对引物可扩增出多态性条带;用5对单碱基重复的多态性SSR引物分析19个药用无性系,构建出无性系的二维码DNA分子身份证。【结论】青钱柳基因组SSR位点出现频率高,位点种类丰富,可为种质资源评价及指纹图谱的构建提供丰富的候选分子标记。

主 题 词：青钱柳 简单重复序列(SSR) 全基因组 DNA分子身份证 

学科分类：0710[理学-生物科学类] 090701[090701] 0907[农学-草药学] 07[理学] 09[农学] 071007[071007] 

核心收录：

D　O　I：10.12302/j.issn.1000-2006.202206001

馆 藏 号：203137672...