茶树基因组SSR位点挖掘及荧光标记开发

作     者：李栋梁 周颖怡 王景飞 张雯婷 汤适 曾繁敬 郝心愿 Li Dongliang;Zhou Yingyi;Wang Jingfei;Zhang Wenting;Tang Shi;Zeng Fanjing;Hao Xinyuan

作者机构：海南省农业科学院热带园艺研究所热带特种经济植物种质资源创新利用重点实验室海口571100 中国农业科学院茶叶研究所国家茶树改良中心农业农村部特种经济动植物生物学与遗传育种重点实验室杭州310008 三亚中国农业科学院国家南繁研究院三亚572024 海南天然茶叶有限公司白沙茶树省级林木种质资源库白沙572812 海南天然茶叶研究院有限公司白沙572812 

基　　金：海南省自然科学基金面上项目(320MS115) 三亚中国农业科学院国家南繁研究院2022年“南繁专项”(YYLH03) 海南省农业科学院院本级科研项目(HAAS2022KJCX03)共同资助 

出 版 物：《分子植物育种》 (Molecular Plant Breeding)

年 卷 期：2024年第22卷第17期

页      码：5670-5691页

摘      要：基于NCBI数据库公开的茶树‘舒茶早’(Camellia sinensis var. Shuchazao )全基因组序列,通过MISA在线分析工具挖掘SSR位点,并使用Primer 3.0软件批量开发设计引物,随机挑选引物检测有效性,采用荧光标记毛细管电泳技术验证筛选多态性较高的引物。结果表明,茶树全基因组中共挖掘659053个SSR位点,相对丰度212个/Mbp。二核苷酸重复类型数量最多(469096个,占比71.18%)、长度最长(8725988 bp,占比61.34%)、出现频率最高(151.06个/Mbp)、密度最大(2809.97 bp/Mbp),三核苷酸重复类型数量(99716个,占比15.13%)、长度(2801472 bp,占比19.69%)、出现频率(32.11个/Mbp)、密度(902.14 bp/Mbp)均次之。6个串联重复的SSR基序类型最多(146844个,占比22.28%),7个串联重复的SSR基序类型数量次之(87136个,占比13.22%)。从200对随机引物中筛选出137对引物可以扩增成功,其中82对可能存在多态性,使用8个茶树栽培品种进行筛选验证,其中22对引物具有多态性,其等位基因数(Na)、有效等位基因数量(Ne)、香农遗传多样性信息指数(I)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、固定指数(F)、多态性信息含量(PIC)平均值分别为5.091、3.387、1.347、0.591、0.675、0.122、0.634,筛选出的引物中有20对高度多态性信息引物(PIC>0.5)、2对中度多态性信息引物(0.4

主 题 词：茶树(Camellia sinensis) 全基因组 SSR标记 引物多态性 

学科分类：09[农学] 090203[090203] 0902[农学-自然保护与环境生态类] 

D　O　I：10.13271/j.mpb.022.005670

馆 藏 号：203138944...