口蹄疫病毒分型诊断芯片探针设计初报

作     者：相磊 陈小玲 李伍举 梁之昶 章振华 王学文 胡国良 徐福洲 石岗 

作者机构：江西农业大学动物科技学院江西南昌330045 北京市农林科学院畜牧兽医研究所北京100097 军事医学科学院基础医学研究所北京100850 新疆农业大学动物科技学院新疆乌鲁木齐830052 

基　　金：国家自然科学基金资助项目(30571383) 北京市自然科学基金项目(6062009) 

出 版 物：《动物医学进展》 (Progress In Veterinary Medicine)

年 卷 期：2008年第29卷第2期

页      码：1-5页

摘      要：为建立口蹄疫病毒(Foot-and-mouth disease virus,FMDV)不同血清型与基因型的基因芯片检测方法,设计针对O型8个基因型、A型3个基因型和亚洲1型的特异性探针。从美国GenBank与英国世界口蹄疫参考实验室基因库下载了O型、A型和亚洲1型FMDV的VP1基因序列547条。对每一血清型序列用DNA Star软件ClastalW程序进行多重比对,做系统发育分析并进行基因分型。用生物学软件BioSun 2.0建立基因型数据库,设计每一基因型的特异性探针。共设计出104条候选探针,通过芯片试验筛选出12条特异性探针。以各型特异性探针所对应的靶序列模板做10倍系列稀释进行PCR扩增,扩增产物与探针杂交,验证各探针的灵敏度。对O型SEA、Euro-SA、ME-SA、WA 4个基因型的各条探针的灵敏度进行了检验,结果这些探针能够检测到102数量级拷贝数的阳性靶标。

主 题 词：口蹄疫病毒 血清型 基因型 VP1基因 基因芯片 寡核苷酸探针 

学科分类：090601[090601] 09[农学] 0906[农学-水产类] 

D　O　I：10.3969/j.issn.1007-5038.2008.02.001

馆 藏 号：203140226...