BioIndex:一种生物序列相似性查询的高效索引

作     者：邱伯仁 熊赟 朱扬勇 Qiu Boren;Xiong Yun;Zhu Yangyong

作者机构：复旦大学计算机与信息技术系上海200433 

基　　金：国家自然科学基金项目(60573093) 

出 版 物：《计算机应用与软件》 (Computer Applications and Software)

年 卷 期：2009年第26卷第10期

页      码：1-4,18页

摘      要：有效管理生物数据并提供高效的查询方法是生物信息处理的重要研究内容。BioSeg是一个新的生物序列数据模型。查询优化研究是生物数据库管理系统开发的重要内容之一。研究当前生物数据索引技术,针对BioSeg数据模型的特点和生物序列相似性查询需求设计了一种新的生物序列数据索引BioIndex,并设计相应的查询算法。首先,使用MEME(Multiple EM for Moeif Elicit-ation)算法挖掘生物序列集中的序列模式作为索引建立索引序列库;之后,在索引序列库中查找与查询序列最相似的索引序列,将其对应的序列集作为候选集;再在候选集中查找与查询序列最相似的序列。在真实生物序列数据集上的实验表明使用新的生物序列数据索引BioIndex的序列查询算法提高了序列查询的效率。

主 题 词：索引 生物序列 生物数据库 数据模型 查询优化 

学科分类：12[管理学] 1201[管理学-管理科学与工程类] 081104[081104] 08[工学] 0835[0835] 0811[工学-水利类] 0812[工学-测绘类] 081202[081202] 

D　O　I：10.3969/j.issn.1000-386X.2009.10.001

馆 藏 号：203141021...