银杏EST序列中微卫星的分布特征

作     者：樊洪泓 李廷春 李正鹏 林毅 蔡永萍 Fan Honghong;Li Tingchun;Li Zhengpeng;Lin Yi;Cai Yongping

作者机构：安徽农业大学生命科学学院合肥230036 

出 版 物：《基因组学与应用生物学》 (Genomics and Applied Biology)

年 卷 期：2009年第28卷第5期

页      码：869-873页

摘      要：本文利用从NCBI下载的21590条银杏EST序列,分析了银杏（表达序列标签微卫星）EST-SSR在银杏EST序列的分布和比较了在不同长度EST序列中的SSR特性。在剔除冗余和低质量序列后,得到总长为5708.385kb的无冗余EST序列7961条,发现了405个EST序列（5.09%）含有475个SSR,长度400~1000bp的EST序列含SSR位点数为445个,占SSR总数的93.68%。二核苷酸和三核苷酸基元类型是银杏EST-SSR的主要类型,分别占SSR总数的73.89%和24.00%,最常见的SSR基元是：（AT）n、（AG）n、（AC）n、（AAG）n和（AAT）n。通过对银杏EST序列中SSR位点信息的发掘分析,为有针对性地设计EST-SSR引物,开发银杏EST-SSR分子标记奠定基础。

主 题 词：银杏 表达序列标签 EST-SSR 重复基元 

学科分类：09[农学] 0902[农学-自然保护与环境生态类] 090201[090201] 

D　O　I：10.3969/gab.028.000869

馆 藏 号：203141699...