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烟草ESTs资源的SSR信息分析

烟草ESTs资源的SSR信息分析

作     者:胡重怡 蔡刘体 陈兴江 Hu Zhongyi;Cai Liuti;Chen Xingjiang

作者机构:贵州省烟草科学研究所贵阳550003 

基  金:贵州省烟草专卖局项目(黔烟科2007-03) 

出 版 物:《生物技术通报》 (Biotechnology Bulletin)

年 卷 期:2009年第25卷第7期

页      码:82-85,93页

摘      要:烟草ESTs数量迅速增加为开发新的SSR标记提供了宝贵的资源。经过软件分析,对242 683条烟草ESTs序列剔除冗余序列,在211 728条非冗余烟草ESTs序列中,共检索出9 339个SSR,SSR之间的距离约为14.21 kb,检出率为4.41%,包括216种重复基元。其中三核苷酸重复类型的SSR占主导地位,占总SSR的50.34%,其次为二核苷酸和单核苷酸,分别为23.00%,16.48%,其余重复类型所占比例均不足5%。在所有重复基元中,A/T重复为主要类型,占所有重复14.68%,其次为AT/TA、AG/TC、AAG/TTC,分别为10.49%、9.48%、6.85%。随机设计10对EST-SSR引物,对6个品种烟草进行扩增,10对EST-SSR引物均能扩增出产物,其中1对引物在6个品种有多态性。本研究为烟草EST-SSR标记的建立和进一步应用奠定了基础。

主 题 词:烟草 EST—SSR 重复基元 

学科分类:09[农学] 0901[农学-植物生产类] 

D O I:10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2009.07.024

馆 藏 号:203141826...

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