外显子与内含子序列的分形尺度参数可分性研究

作     者：闻芳 卢欣 孙之荣 李衍达 Wen Fang Lu Xin Sun Zhirong* Li Yanda(Department of Automation, School of Information Science and Technology, Tsinghua University, Beijing 100084)(*Department of Biological Sciences and Biotechnology, Tsinghua university, Beijing 100084)

作者机构：清华大学信息学院自动化系北京100084 

基　　金：北京市科技合同项目支持 国家自然科学基金 

出 版 物：《生物物理学报》 (Acta Biophysica Sinica)

年 卷 期：1999年第15卷第3期

页      码：536-542页

摘      要：近年来， 关于ＤＮＡ 序列的分形尺度特性的研究引起了研究者广泛的兴趣， 许多研究表明，ＤＮＡ 序列的外显子和内含子区域具有不同的分形尺度特性，这有可能成为区别外显子和内含子序列的特征之一。文中应用ＷＴＭＭ（ Ｗａｖｅｌｅｔ Ｔｒａｎｓｆｏｒｍ Ｍｏｄｕｌｕｓ Ｍａｘｉｍ） 方法分析ＤＮＡ 序列的分形结构，计算表征分形结构尺度特性的量化参数 Ｈｌｄｅｒ 指数。考虑到外显子序列的三联体编码特性， 计算了ＤＮＡ 序列及三个不同的相位序列分别在三种ＤＮＡ ｗａｌｋ 方式下得到的序列的Ｈｌｄｅｒ 指数，并将每个Ｈｌｄｅｒ 指数作为一维特征，考察外显子与内含子序列的分布。计算结果表明，只按单个分形尺度参数来看，外显子与内含子不具有可分性。在此基础上，从模式识别的角度出发， 将外显子与内含子视为由此构成的多维特征空间中的两个模式类， 由此设计基于ＬＬＭ（ＬｏｃａｌＬｉｎｅａｒ Ｍａｐ） 神经网络的分类器，并对分类器的错误率进行估计，实验结果表明外显子序列与内含子序列在此特征空间中具有聚类特性，从而表明以这一组分形尺度参数作为序列特征，外显子与内含子具有可分性。

主 题 词：外显子 内含子 分形尺度 Hoelder指数 WTMM法 

学科分类：0710[理学-生物科学类] 071010[071010] 081704[081704] 07[理学] 08[工学] 0817[工学-轻工类] 

D　O　I：10.3321/j.issn:1000-6737.1999.03.016

馆 藏 号：203149016...