隐Markov模型在剪接位点识别中的应用

作     者：夏慧煜 周晴 李衍达 

作者机构：清华大学自动化系智能技术与系统国家重点实验室北京100084 

基　　金：国家自然科学基金资助项目 (6993 5 0 2 0 ) 

出 版 物：《清华大学学报（自然科学版）》 (Journal of Tsinghua University(Science and Technology))

年 卷 期：2002年第42卷第9期

页      码：1214-1217页

摘      要：剪接位点的识别是基因识别中的一个重要环节。由于现有的基因识别算法主要关注编码区的整体特性 ,而并不着重考虑个别位点的信息 ,因此难以准确地识别出剪接位点。考虑到剪接位点附近的保守序列的相邻碱基之间应该存在某种相关性 ,利用一阶 Markov链建立了表述这种相关性的模型 ,在此基础之上 ,设计了专门用于剪接拉点识别的隐马氏模型 (HMM)方法。实验结果表明 ,用 HMM描述剪接位点附近序列符合实际情况 ,并且利用这一方法进行剪接位点的识别可以很好地提取位点附近保守序列在边缘分布与条件分布 (转移概率 )上的统计特征。使用该方法对真实剪接位点和虚假剪接位点进行识别 ,识别率均可达 90 %以上。

主 题 词：隐Markov模型 剪接位点 基因识别 基因编码区 序列长度 保守序列 概率统计方法 

学科分类：0710[理学-生物科学类] 0810[工学-土木类] 071010[071010] 081704[081704] 07[理学] 08[工学] 0817[工学-轻工类] 09[农学] 0805[工学-能源动力学] 0701[理学-数学类] 0812[工学-测绘类] 

核心收录：

D　O　I：10.3321/j.issn:1000-0054.2002.09.022

馆 藏 号：203149478...