菊花EST-SSR标记的开发与应用

作     者：张运兴 李卫国 申亚琳 杨伟鑫 

作者机构：河南理工大学资源环境学院河南焦作454000 

基　　金：国家自然科学基金(31100182) 河南理工大学博士基金(B2008-25)资助项目 

出 版 物：《武汉大学学报（理学版）》 (Journal of Wuhan University:Natural Science Edition)

年 卷 期：2013年第59卷第4期

页      码：357-362页

摘      要：从NCBI(National Center for Biotechnology Information)数据库下载7 259条菊花相关表达序列标签(EST)序列,经去除冗余序列拼接后得到3 784条Uni-ESTs,总长度为2 088.6kb.用MISA软件查找其简单重复序列(SSR)位点,共获得407个SSR位点,分布于355条EST上,出现的频率为10.76%.在搜索到的EST-SSR中,三核苷酸重复类型占主导地位,所占比例为47.42%.共观察到76种重复基元,出现最多的重复基元是A/T和ACC/GGT,其次为ATC/ATG,AAC/GTT,AC/GT,AAT/ATT.根据搜索结果随机设计了24对菊花EST-SSR引物,对14个菊花品种进行PCR扩增,发现有12对引物有较清晰且稳定的扩增产物(其中10对引物的产物存在多态性),共检出37个位点(其中多态性位点32个),平均每对引物可扩增出3.2条多态性片段.遗传相似性分析显示,14个品种的遗传相似系数在0.61～0.84之间,平均相似系数为0.67.

主 题 词：菊花 表达序列标签(EST) 简单重复序列(SSR) 遗传多样性 

学科分类：0710[理学-生物科学类] 071001[071001] 07[理学] 

核心收录：

D　O　I：10.14188/j.1671-8836.2013.04.011

馆 藏 号：203154967...