柯萨奇病毒B3 KM06／2009株全基因组测序及其序列分析

作     者：刘建生 邵聪文 潘玥 陈俊英 吉玛 朱艳菊 马绍辉 Liu Jiansheng;Shao Congwen;Pan Yue;Chen Junying;Ji Ma;Zhu Yanju;Ma Shaohui

作者机构：中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所云南省重大传染病疫苗研发重点实验室昆明650118 

基　　金：国家自然科学基金研究项目(30471595) 

出 版 物：《中华微生物学和免疫学杂志》 (Chinese Journal of Microbiology and Immunology)

年 卷 期：2014年第34卷第4期

页      码：282-288页

摘      要：目的分析柯萨奇病毒B3（CVB3）KM06／2009全基因序列，并对其分子变异、进化特点和毒力特征进行分析。方法设计针对CVB3引物，提取病毒RNA，RT-PCR扩增和产物直接测序获得序列。利用Mega4．1、RDP3和SimPlot3．5．1等软件分析全基因序列。结果CVB3KM06／2009病毒株全基因组全长7401bp个核苷酸（nt），5’端和3’端分别为743nt和100nt的非编码区，5’和3’非编码区间为一个6558nt长的开放读码框，编码一个含2185个氨基酸的多聚蛋白，编码区内未见核苷酸的插入或缺失。与GenBank库中CVB3Nancy原型株比较，其全基因组序列核苷酸同源性为81．4％，氨基酸同源性为95．7％；与无心肌毒力的临床分离株CVB3GA比较，其全基因组序列核苷酸同源性为80．7％，氨基酸同源性为96．4％；与历史同期国内临床分离株Beijing0811、SSM、GZ0803株比较，整个基因组的核苷酸同源性分别为98．1％、89．7％和88．4％，氨基酸同源性分别为99．4％、98．1％和98．1％。基于全基因组和全长VP1核酸序列的进化树图均显示，CVB3病毒株具有明显的时空聚簇分布特征。CVB3心肌毒力相关区域5’非编码区颈环结构1／RNA二级折叠结构分析结果表明，CVB3KM06／2009病毒株具有明显的心肌毒力倾向。结论基于基因分子生物信息学分析，与CVB3临床分离株比较，KM06／2009病毒株具有明显的心肌毒力倾向。

主 题 词：柯萨奇病毒B3 全基因组 序列分析 进化树图 

学科分类：0710[理学-生物科学类] 100208[100208] 1002[医学-临床医学类] 1001[医学-基础医学] 10[医学] 

核心收录：

D　O　I：10.3760/cma.j.issn.0254-5101.2014.04.006

馆 藏 号：203156537...