系统性鉴定长非编码RNA MALAT1调控的微小RNA

作     者：张海天 王国祥 尹荣 邱满堂 许林 Haitian ZHANG;Guoxiang WANG;Rong YIN;Mantang QIU;Lin XU

作者机构：徐州医科大学临床医学系徐州221004 徐州医科大学附属医院心胸外科徐州221000 南京医科大学附属江苏省肿瘤医院胸外科/江苏省恶性肿瘤分子生物学及转化医学重点实验室南京210009 

基　　金：国家自然科学基金(No.81372321 No.81201830 No.81472200) 江苏省高校自然科学基金(No.13KJB320010) 江苏省重大疾病生物资源样本库(No.BM2015004)项目资助~~ 

出 版 物：《中国肺癌杂志》 (Chinese Journal of Lung Cancer)

年 卷 期：2016年第19卷第5期

页      码：247-251页

摘      要：背景与目的长非编码RNA(long non-coding RNA,lnc RNA)在肿瘤的发生、侵袭转移等过程中发挥着重要的调控作用。本研究通过实验和生物信息学手段系统性研究lnc RNA MALAT1调控的微小RNA(micro RNA,miRNA)。方法设计特异性敲减MALAT1的反义寡核苷酸(antisense oligonucleotides,ASO),在A549细胞中敲减MALAT1,通过Tqa Man Low Density Array(TLDA)芯片研究敲减MALAT1后miRNA表达变化;使用基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)方法分析敲减MALAT1之后差异表达基因,寻找富集的miRNA。结果 ASO有效降低了MALAT1表达,敲减MALAT1之后153个miRNA表达显著变化,其中131个miRNA表达上调,22个miRNA表达下调。在A549细胞中敲减MALAT1后,458个基因发生显著差异表达,GSEA分析发现多个miRNA在差异表达基因中被显著富集。对TLDA和GSEA数据取交集并进一步分析确认28个被MALAT1调控的miRNA。结论本研究系统鉴定了MALAT1对miRNA的调控,为进一步研究提供了基础。

主 题 词：长非编码RNA MALAT1 microRNA 生物信息学 

学科分类：1002[医学-临床医学类] 100214[100214] 10[医学] 

核心收录：

D　O　I：10.3779/j.issn.1009-3419.2016.05.11

馆 藏 号：203166960...