应用磁共振波谱代谢组学和基因本体论建立食管癌患者病理分期预测模型的研究

作     者：陈星 王凯 陈伟 江华 邓鹏翅 李子建 彭谨 周志远 杨浩 黄贵祥 曾俊 

作者机构：四川省医学科学院四川省人民医院创伤代谢组多学科实验室成都610101 中国医学科学院北京协和医学院北京协和医院肠外与肠内营养科 四川大学分析测试中心 

基　　金：四川省科技厅科技支撑计划项目(2014FZ0125、2015SZ0110) 四川省卫生和计划生育委员会科研项目(130142) 

出 版 物：《中华外科杂志》 (Chinese Journal of Surgery)

年 卷 期：2016年第54卷第7期

页      码：540-545页

摘      要：目的结合代谢组和计算生物学技术，探索食管癌代谢表型与病理分型的关系，发现食管癌患者代谢网络扰动机制，建立可用于术前快速对肿瘤进行精准分期的方法。方法前瞻性队列研究设计，研究起止时间为2013年4月至2016年1月。纳入2013年5月至2014年4月在四川省人民医院确诊食管癌拟行手术患者，收集血清标本进行磁共振波谱代谢组学检测，绘制不同分期患者的血浆代谢指纹图谱。采用主成分分析、偏最小二乘法和支持向量机进行数据处理，并基于基因本体论（GO）方法建立代谢型-酶学网络-GO通路回溯分析技术探索调控食管癌代谢网络异常的酶-基因网络调节机制，最终建立食管癌分期定量预测模型。所有数据处理过程均在高性能计算平台上使用MatLab完成。计量资料的组间比较采用Wilcoxon秩和检验（非正态分布）或方差分析（正态分布）。计数资料采用）（2检验或Fisher确切概率法。结果纳入不同TNM分期食管癌患者20例，不同分期患者组间年龄无差异（F=1．086，P〉0．05），体重指数无差异（F=1．035，P〉0．05），肿瘤距门齿距离无差异（F=1．078，P〉0．05），其血浆磁共振波谱指纹图谱可特征性区分不同肿瘤分期。在不同TNM分期的患者中，其血浆代谢池中存在明显的代谢物差异：与ⅡB、ⅢA、Ⅳ期患者相比，ⅠB、ⅡA期患者血清中丁酮、乙醇胺、同型半胱氨酸、羟基丙酸、雌三醇浓度升高，而糖蛋白、肌酸、胆碱、异丁酸、丙氨酸、亮氨酸、缬氨酸水平降低。经过计算，最终筛选出4个代谢标志物：乙醇胺、羟基丙酸、同型半胱氨酸、雌三醇。GO分析表明，调控这4个关键代谢标志物的是54对酶和基因。以此为基础建立了基于磁共振波谱的食管癌TNM分期定量预测模型，交叉验证结果表明，该预测模型的均方根误为5．3，R^2=0．47（P=0．036），预测效果良好。结论基于代谢组学和酶一基因调节网络分析的系统生物医学方法能定量描绘中晚期食管癌患者代谢网络的扰动，且通过血浆磁共振波谱检验，能成功进行术前快速的食管癌患者临床分期。

主 题 词：食管肿瘤 代谢组学 外科学 计算生物学 代谢网络和途径 基因本体 论 肿瘤分期 

学科分类：1002[医学-临床医学类] 100214[100214] 10[医学] 

核心收录：

D　O　I：10.3760/cma.j.issn.0529-5815.2016.07.013

馆 藏 号：203169412...