黄姑鱼转录组SSR的开发与验证

作     者：龚诗琦 王志勇 肖世俊 林爱强 谢仰杰 GONG Shi-qi;WANG Zhi-yong;XIAO Shi-jun;LIN Ai-qiang;XIE Yang-jie

作者机构：集美大学水产学院福建厦门361021 农业部东海海水健康养殖重点实验室福建厦门361021 

基　　金：福建省科技厅产学合作项目(2014N5011) 厦门南方海洋研究中心重大项目(14GZY70NF34) 国家水产种质资源平台项目(2015DKA30470) 

出 版 物：《集美大学学报（自然科学版）》 (Journal of Jimei University：Natural Science)

年 卷 期：2016年第21卷第4期

页      码：241-246页

摘      要：利用MISA软件对黄姑鱼转录组测序数据进行分析,共检索到微卫星(simple sequence repeats,SSR)位点12 254个,其中单碱基、二碱基、三碱基重复分别约占42.70%、32.11%、23.44%,四碱基、五碱基、六碱基重复仅分别约占1.60%、0.09%、0.06%。随机选出80个二至六碱基重复来设计PCR引物,有38对引物通过扩增可获得目的条带。利用南海海区野生黄姑鱼样本对其中的18个具有多态性的SSR位点进行扩增效果验证和评价,结果显示:18个SSR的平均等位基因数为7.67,平均有效等位基因数为4.571,平均观测杂合度为0.3984,平均期望杂合度为0.7518,平均多态信息含量为0.6799,其中有15个位点表现出高多态性(多态信息含量>0.5)。与传统方法相比较,利用转录组测序数据开发微卫星标记更加省时、高效。

主 题 词：黄姑鱼 微卫星 标记 转录组 测序 

学科分类：090801[090801] 0908[0908] 09[农学] 

D　O　I：10.3969/j.issn.1007-7405.2016.04.001

馆 藏 号：203169415...