以川陕哲罗鲑为目标物种的水样环境DNA分析流程的优化

作     者：姜维 王启军 邓捷 赵虎 孔飞 张红星 JIANG Wei;WANG Qi-jun;DENG Jie;ZHAO Hu;KONG Fei;ZHANG Hong-xing

作者机构：陕西省动物研究所陕西省秦岭珍稀濒危动物保育重点实验室西安710032 

基　　金：国家自然科学基金项目(31502170) 香港海洋公园保育基金项目(FH01_1415)资助 

出 版 物：《应用生态学报》 (Chinese Journal of Applied Ecology)

年 卷 期：2016年第27卷第7期

页      码：2372-2378页

摘      要：水样环境DNA分析包括水样采集、DNA提取和分析等流程,已成为监测濒危水生生物种群分布调查的重要手段.为减少在监测目标物种尤其濒危物种中的不确定性,对水环境DNA分析流程的优化至关重要.本研究以川陕哲罗鲑为目标物种,采用滤膜法采集养殖池中的水样,设计了250 mL、500 mL、1 L和2 L等4种水样采集量,分别采用PoweWater DNA Isolation kit和DNeasy Tissue and Blood DNA extraction kit提取水样环境DNA(e DNA),使用物种mtDNAD_loop区特异性引物进行PCR扩增,通过研究滤膜法、水样采集量和水样DNA提取方法对水样e DNA中目标基因检出率的影响,探索适宜的e DNA分析操作方案.结果表明:使用DNeasy Tissue and Blood DNA extraction kit提取的水样DNA中目的基因的检出率为100%,效果明显优于PoweWater DNA Isolation kit(目标基因的检出率为0);目标基因扩增条带的亮度随水样采样量的增加而增加,其中2 L水样目标基因的扩增效果较理想;序列比对结果显示,本试验从水样DNA中成功扩增得到了川陕哲罗鲑mtD NA Dloop区部分序列.表明DNA提取方法和水样采集量对目标物种的检出率有显著的影响,滤膜法、2 L水样采集量、DNeasy Tissue and Blood DNA extraction kit更适宜进行水样的DNA分析,mtD NA D-loop区可作为川陕哲罗鲑识别的特异性分子标记.

主 题 词：川陕哲罗鲑 环境DNA分析 方案优化 

学科分类：07[理学] 0713[0713] 

核心收录：

D　O　I：10.13287/j.1001-9332.201607.017

馆 藏 号：203184620...