基于公共数据库的西瓜EST-SSR信息分析与标记开发

作     者：包文风 王吉明 尚建立 马双武 BAO Wen-feng;WANG Ji-ming;SHANG Jian-li;MA Shuang-wu

作者机构：中国农业科学院郑州果树研究所河南郑州450009 

基　　金：农业部作物种质资源保护项目(NB08-2130135-44) 国家科技基础条件平台项目(2005DKA21001-23) 

出 版 物：《华北农学报》 (Acta Agriculturae Boreali-Sinica)

年 卷 期：2011年第26卷第2期

页      码：85-89页

摘      要：为了给西瓜遗传基础研究提供新的共显性分子标记,对公共数据中的8 619条西瓜EST序列进行处理和分析,获得202个EST-SSR,分布在191条EST序列中,出现频率为2.31%,分布密度为1/19.1 kb。其优势重复基序为二核苷酸和三核苷酸（68.8%）,在二核苷酸基序中以AG/TG类型为最多（46%）;在三核苷酸基序中,以AAG类型为最多（43%）。基序重复次数以4次（17.8%）、7次（15.3%）和11次（14.9%）为最多。长度主要分布在20~30 bp（76%）。利用上述EST-SSR序列设计获得24对引物在西瓜白化致死近等基因系中进行验证,结果获得了16对有效的扩增引物,占总设计引物对数的66.7%。结果表明：利用公共数据库中的EST序列开发西瓜EST-SSR标记是一种有效的方法。

主 题 词：西瓜 EST EST-SSR 引物 

学科分类：0710[理学-生物科学类] 07[理学] 08[工学] 09[农学] 071007[071007] 0901[农学-植物生产类] 0836[0836] 090102[090102] 

核心收录：

馆 藏 号：203186858...