福尔马林固定匙吻鲟样本线粒体基因组的测定

作     者：李景艳 旷婷 李晨虹 

作者机构：上海海洋大学水产与生命学院 

基　　金：上海高校特聘教授(东方学者)岗位计划(2011-11) 

出 版 物：《上海海洋大学学报》 (Journal of Shanghai Ocean University)

年 卷 期：2016年第25卷第5期

页      码：659-667页

摘      要：在鱼类分子系统学的研究中,常常会碰到样本难以采集而博物馆中保存的大量标本又因经过福尔马林处理而无法利用的难题,比如:鲟形目鱼类。为了研究鲟鱼的系统分类,获取福尔马林固定标本的线粒体基因组,我们将匙吻鲟(Polyodon spathula)样本用福尔马林进行不同时间的固定(1 h、1 d、3 d、10 d、30 d和150d),采用提取古DNA的方法获得样本的DNA,以新鲜匙吻鲟线粒体基因组设计诱饵(Baits),通过靶基因富集"钓取"固定样本中的线粒体基因组序列,进行Illumina测序,获得线粒体基因组序列。结果表明处理1 h、1 d、10 d、30 d、150 d的匙吻鲟样本测得的线粒体基因组序列长度均为16 524 bp,覆盖率为100%,目标序列占总数据的比率均大于45%,错误率均为0。另外,采用Q-ratio方法检测固定时间对DNA片段化的影响:前端引物保持不变,设计4种右端引物分别进行PCR扩增,目标片段长度分别为41、129、305和650 bp。结果前3组引物在各样本DNA中均扩增成功,650 bp片段引物仅在固定1 h的样本DNA中扩增成功;固定时间越长,各组引物所得到的Q-ratio值(不同长度扩增片段和41 bp扩增片段的比值)越低,DNA片段化程度越大。此研究结果可为提取福尔马林固定标本DNA用于分子遗传学研究提供参考。

主 题 词：匙吻鲟 福尔马林固定样本 线粒体基因组 基因捕获技术 二代测序技术 分子系统学 

学科分类：0710[理学-生物科学类] 07[理学] 071002[071002] 

D　O　I：10.12024/jSOU.20160301698

馆 藏 号：203187584...