栲属EST序列中微卫星含量及特征

作     者：王建 伍艳芳 徐海宁 江香梅 汪信东 郑永杰 WANG Jian;WU Yanfang;XU Haining;JIANG Xiangmei;WANG Xindong;ZHENG Yongjie

作者机构：江西农业大学林学院南昌330045 江西省林业科学院国家林业局樟树工程技术研究中心南昌330032 

基　　金：江西省优势科技创新团队建设计划项目(20152BCB24014) 院博士启动项目(2011511102)共同资助 

出 版 物：《安徽农业大学学报》 (Journal of Anhui Agricultural University)

年 卷 期：2016年第43卷第4期

页      码：630-634页

摘      要：采用生物信息学方法对栲属Castanopsis（***）Spach EST序列中微卫星DNA的含量、分布、碱基组成和频率等进行了分析。通过搜索,在3354条栲属EST序列中共查找到802个SSR位点,平均1.733 kb核苷酸序列分布一个SSR位点,其中有74.56%的SSR位点分布于长度为500～799 bp的EST序列。栲属EST-SSR的主要重复类型为二核苷酸,占SSR总数的42.39%。此外,A/T（97%）、AG/CT（80%）、AAG/CTT（30%）分别为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸的优势重复基元。现有栲属EST-SSR的长度分布于10-224 bp之间,重复数总平均为9.11次,其中有29.30%的EST-SSR长度大于20 bp。研究结果表明,栲属EST-SSR具有丰富的多态性,可利用栲属EST-SSR序列开发一批具有应用价值的SSR分子标记供遗传多样性研究所用。

主 题 词：栲属 EST-SSR 微卫星 重复单元 

学科分类：07[理学] 0713[0713] 

D　O　I：10.13610/j.cnki.1672-352x.20160712.019

馆 藏 号：203187957...