HIV-1病毒DNA与整合酶结合后的构象变化

作     者：胡建平 柯国涛 常珊 陈慰祖 王存新 HU Jian-Ping;KE Guo-Tao;CHANG Shan;CHEN Wei-Zu;WANG Cun-Xin

作者机构：北京工业大学生命科学与生物工程学院 

基　　金：国家自然科学基金(30670497,30500429) 北京自然科学基金(5072002)资助项目 

出 版 物：《物理化学学报》 (Acta Physico-Chimica Sinica)

年 卷 期：2008年第24卷第10期

页      码：1803-1810页

摘      要：用分子动力学(MD)模拟方法优化了HIV-1病毒DNA与整合酶(IN)二聚体(IN2)复合物模型结构,并分析了HIV-1病毒DNA结合IN2后的构象变化.结果表明,按照HIV-1病毒DNA与IN2结合能力的强度,病毒DNA可分为五个区域:非结合区、强结合区1、弱结合区、强结合区2和反应区,并用结合自由能计算验证了该分区的合理性.与未结合IN2的病毒DNA相比,复合物模型中病毒DNA除了非结合区碱基外,其它四个区域的碱基构象变化较大.复合物模型中病毒DNA主链较大程度地偏离标准B型DNA以及结合部位的小沟变宽都是识别IN的结构基础.模拟结果与实验数据吻合较好,为基于HIV-1IN的药物分子设计提供了一定的结构信息.

主 题 词：病毒DNA 整合酶 分子动力学模拟 自由能计算 构象变化 

学科分类：1007[医学-药学类] 100705[100705] 1001[医学-基础医学] 100103[100103] 10[医学] 

核心收录：

D　O　I：10.3866/pku.whxb20081012

馆 藏 号：203188292...