PolⅡ-ChIP-PE-MS方法的建立及其在SNP功能研究中的应用

作     者：晏泽辉 邓国宏 王宇明 Ze-Hui Yan;Guo-Hong Deng;Yu-Ming Wang

作者机构：第三军医大学西南医院全军感染病研究所重庆市400038 

基　　金：国家自然科学基金资助 No.30470964 

出 版 物：《世界华人消化杂志》 (World Chinese Journal of Digestology)

年 卷 期：2005年第13卷第20期

页      码：2431-2436页

摘      要：目的:建立RNA多聚酶Ⅱ-染色质免疫沉淀-引物延伸-飞行时间质谱技术(PolⅡ-ChIP-PE-MS),并利用该方法检测SNP等位特异磷酸化PolⅡ结合量,为活体状态下研究疾病关联基因SNP的功能研究提供一种高通量的研究手段.方法:采用PCR-RFLP方法对HepG2细胞印迹基因SNRPN(仅父源等位基因表达)基因组DNA和cDNA进行基因分型,利用PolⅡCTD末端Ser5特异性抗体进行染色质免疫沉淀,针对SNP位点两侧序列设计PCR引物和延伸引物,以外侧引物进行PCR扩增,采用延伸引物进行VLET引物延伸,产物纯化后经MALDI-TOF质谱鉴定.结果:对SNRPN杂合子细胞的SNRPNC1654312TSNP进行PolⅡ-ChIP-PE-MS分析发现,基因组DNA样本和染色质免疫沉淀前样本在C、T等位点都包含相同PolⅡ结合量,但免疫沉淀后标本(被磷酸化RNA多聚酶Ⅱ结合的染色质)就仅在T等位点有结合,与产生mRNA转录的等位点相对应.结论:成功建立起PolⅡ-ChIP-PE-MS方法,利用该方法检测SNP等位特异磷酸化PolⅡ结合量是可靠的,可以利用PolⅡ-ChIP-PE-MS策略鉴定疾病关联基因SNP的功能.

主 题 词：单核苷酸多态性 RNA多聚酶Ⅱ 染色质免疫沉淀 引物延伸 质谱 SNP位点 Pol 功能研究 ChIP PCR-RFLP方法 

学科分类：1001[医学-基础医学] 10[医学] 

D　O　I：10.3969/j.issn.1009-3079.2005.20.006

馆 藏 号：203193492...