基于转录组数据高通量发掘沙葱萤叶甲微卫星引物

作     者：张鹏飞 周晓榕 庞保平 谭瑶 常静 高利军 ZHANG Peng-Fei;ZHOU Xiao-Rong;PANG Bao-Ping;TAN Yao;CHANG Jing;GAO Li-Jun

作者机构：内蒙古农业大学草原昆虫研究中心呼和浩特010019 锡林浩特市草原工作站锡林浩特026000 

基　　金：国家自然科学基金(31360441) 

出 版 物：《应用昆虫学报》 (Chinese Journal of Applied Entomology)

年 卷 期：2016年第53卷第5期

页      码：1058-1064页

摘      要：【目的】沙葱萤叶甲Galeruca daurica(Joannis)是近年来在内蒙古草原上猖獗发生为害的一种新害虫。本研究从其高通量转录组数据中查找微卫星序列,并进行微卫星位点的信息分析和微卫星引物的发掘,将为进一步研究沙葱萤叶甲遗传多样性及遗传分化奠定必要的基础。【方法】应用软件MISA对沙葱萤叶甲转录组中72 352条unigenes的数据进行搜索。【结果】共找到3 880个微卫星位点,分布于3 277条unigenes中,其主要重复类型为单核苷酸重复(80.85%),其次为三核苷酸重复(11.08%),再次为二核苷酸重复(7.37%)。单核苷酸重复中主要是A/T基序,占总量的77.76%。从1 814条unigenes中成功设计出2 160对引物,从中随机选取10对引物对沙葱萤叶甲DNA进行扩增,结果全部扩增出目的 DNA片段。【结论】利用沙葱萤叶甲转录组数据开发微卫星引物是可行的,本研究开发的微卫星引物为研究沙葱萤叶甲种群遗传学和功能基因组学奠定了必要的基础。

主 题 词：沙葱萤叶甲 微卫星 高通量测序 转录组 

学科分类：07[理学] 0713[0713] 

核心收录：

D　O　I：10.7679/j.issn.2095-1353.2016.130

馆 藏 号：203208239...