基于桤木属转录组测序的SSR分子标记的开发

作     者：饶龙兵 杨汉波 郭洪英 段红平 陈益泰 RAO Long-bing YANG Han-bo GUO Hong-ying DUAN Hong-ping CHEN Yi-tai

作者机构：中国林业科学研究院亚热带林业研究所浙江杭州311400 四川省林业科学研究院四川成都610081 云南农业大学资源与环境学院云南昆明650201 

基　　金："十二五"国家科技支撑计划项目桤木育种专题"抗逆生态树种桤木新品种选育技术研究"(2012BAD01B0604) 

出 版 物：《林业科学研究》 (Forest Research)

年 卷 期：2016年第29卷第6期

页      码：875-882页

摘      要：[目的]基于转录组数据开发适用于桤木属树种的SSR标记,揭示其在转录组序列中的分布类型及特征,为桤木属树种分子标记辅助育种提供有利工具。[方法]利用Micro SAtellite(MISA)软件对所有转录组序列进行SSRs搜索,并对SSR位点的数量、分布特征进行统计分析。设计100对SSR引物,采用琼脂糖凝胶电泳和毛细管电泳分离检测方法对3种不同倍性桤木属植物(12份材料)进行遗传多样性检测,确定引物多态性及通用性。[结果]85 769条Unigenes序列中发现8 678个SSR位点,分布在8 298条Unigenes中发生频率为9.67%,转录组序列中平均每14.04 kb长度就有一个SSR位点分布。其中,二核苷酸重复类型数量最多,占65.87%。根据转录组Unigenes序列,利用Primer 3软件共设计出4 531对符合要求的引物,挑选出的100对SSR引物中,获得18对多态性高、稳定性好的SSR引物。[结论]本研究可扩增出多态性位点的引物重复单元以二、三核苷酸重复为主。基于桤木属转录组序列的SSR标记开发是可行的,开发的引物为桤木属遗传多样性分析、分子育种、遗传图谱构建和功能基因的挖掘提供了丰富的候选分子标记。

主 题 词：桤木属 转录组 SSR 引物 

学科分类：0710[理学-生物科学类] 090701[090701] 0907[农学-草药学] 07[理学] 09[农学] 071007[071007] 

核心收录：

D　O　I：10.13275/j.cnki.lykxyj.2016.06.012

馆 藏 号：203209859...