蜜蜂球囊菌的参考转录组de novo组装及SSR分子标记开发

作     者：张曌楠 熊翠玲 徐细建 黄枳腱 郑燕珍 骆群 刘敏 李汶东 童新宇 张琦 梁勤 郭睿 陈大福 

作者机构：福建农林大学蜂学学院福州350002 江西省养蜂研究所南昌330201 

基　　金：现代农业产业技术体系建设专项资金(CARS-45-KXJ7) 福建农林大学科技发展资金(KF2015123) 福建省教育厅科技项目(JA10104) 福建省大学生创新创业训练计划项目(201610389053) 

出 版 物：《昆虫学报》 (Acta Entomologica Sinica)

年 卷 期：2017年第60卷第1期

页      码：34-44页

摘      要：【目的】通过RNA seq技术对纯培养的蜜蜂球囊菌Ascosphaera apis孢子和球囊菌侵染的蜜蜂幼虫肠道组织进行测序,de novo组装球囊菌的参考转录组,并对其进行功能与代谢通路注释,进而基于该转录组数据开发球囊菌的SSR分子标记。【方法】首先通过差速离心获得活化的球囊菌孢子,配制含1×107孢子/m L的饲料饲喂4,5和6日龄的意大利蜜蜂Apis mellifera ligustica幼虫和中华蜜蜂Apis cerana cerana幼虫,通过Illumina Hi SeqTM2500平台同时对上述蜜蜂幼虫肠道及纯化球囊菌孢子进行深度测序,原始数据过滤后通过Trinity软件组装得到unigenes,进而通过BLASTX比对NCBI Nr,Swiss-Prot,KOG和KEGG数据库对unigenes进行功能与代谢通路注释。利用MISA软件对所有unigenes进行SSR搜索,并利用Primer Premier 5软件设计SSR特异性引物,通过PCR对不同来源的球囊菌SSR位点进行扩增。【结果】本研究共获得146 135 308条高质量reads,de novo组装得到42 609个unigenes。BLASTX比对结果显示,29 316个unigenes在上述公共数据库中具有功能和代谢通路注释。注释到法夫酵母Xanthophyllomyces dendrorhous上的unigenes最多,达6 050个。KEGG注释结果显示,unigenes可注释到117个代谢通路,其中富集在核糖体(ribosome)上的unigenes数量最多(529)。所有unigenes中共预测到7 968个SSRs,通过PCR开发出5个球囊菌SSR分子标记。【结论】本研究成功组装球囊菌的参考转录组,并进行了功能与代谢通路注释,可为在分子水平深入研究球囊菌提供重要的参考信息。基于该转录组信息开发的5个SSR分子标记可推动菌株鉴定、基因图谱构建及基因定位等研究。

主 题 词：蜜蜂球囊菌 参考转录组 RNA seq 功能与代谢通路注释 SSR 

学科分类：0710[理学-生物科学类] 071010[071010] 07[理学] 

核心收录：

D　O　I：10.16380/j.kcxb.2017.001.05

馆 藏 号：203216027...