基于RNA-seq数据大规模开发中华蜜蜂幼虫的SSR分子标记

作     者：熊翠玲 张璐 付中民 王鸿权 侯志贤 童新宇 李汶东 郑燕珍 陈大福 郭睿 XIONG Cui-Ling;ZHANG Lu;FU Zhong-Min;WANG Hong-Quan;HOU Zhi-Xian;TONG Xin-Yu;LI Wen-Dong;ZHENG Yan-Zhen;CHEN Da-Fu;GUO Rui

作者机构：福建农林大学蜂学学院福州350002 

基　　金：现代农业产业技术体系建设专项资金(CARS-45-KXJ7) 福建农林大学科技发展资金(KF2015123) 国家自然科学基金(30800806) 

出 版 物：《环境昆虫学报》 (Journal of Environmental Entomology)

年 卷 期：2017年第39卷第1期

页      码：68-74页

摘      要：中华蜜蜂是东方蜜蜂的一个亚种,也是我国的特有蜂种。本研究基于已获得的中华蜜蜂幼虫肠道转录组数据预测SSR分子标记,并进行SSR位点的信息分析和SSR引物的发掘。利用MISA软件对幼虫肠道转录组中数据组装得到的43557条unigenes进行搜索,共预测出13448个SSR位点,它们分布于7763条unigene中,其中最主要的重复类型为二核苷酸重复(58.03%),其次为三核苷酸重复(28.23%)和四核苷酸重复(9.72%)。二核苷酸重复中的基序主要是AT/AT(占总量的30.4%)。对于所有的SSR位点,利用Primer Premier 5软件成功设计出21627对引物,随机选取48对引物对5个不同来源的中华蜜蜂幼虫肠道样品进行SSR位点扩增,共有15对成功扩增出符合预期的目的片段。研究结果表明利用转录组数据大规模开发中华蜜蜂幼虫的SSR引物是可行的,本研究开发出的SSR引物为研究中华蜜蜂分子遗传学奠定了基础。

主 题 词：RNA-seq 中华蜜蜂 幼虫肠道 SSR分子标记 

学科分类：0710[理学-生物科学类] 090504[090504] 07[理学] 0905[农学-林学类] 09[农学] 071007[071007] 

D　O　I：10.3969/j.issn.1674-0858.2017.01.7

馆 藏 号：203216037...