微孢子虫PolyA位点的预测

作     者：孙康 杨明 马立 李田 赵玉芳 SUN Kang;YANG Ming;MA Li;LI Tian;ZHAO Yu-fang

作者机构：西南大学计算机与信息科学学院重庆400715 西南大学生物技术学院家蚕基因组生物学国家重点实验室重庆400716 西南大学教师教学发展中心重庆400715 

基　　金：国家自然科学基金面上项目(31371055) 中央高校基本业务费专项资助项目(XDJK2015A010) 

出 版 物：《西南大学学报（自然科学版）》 (Journal of Southwest University(Natural Science Edition))

年 卷 期：2017年第39卷第4期

页      码：138-143页

摘      要：多聚腺苷酸化是真核细胞内形成成熟mRNA的一个重要步骤,其位点的预测对基因组序列中编码基因的发掘具有重要的参考价值.本研究以缺乏有效基因预测方法的微孢子虫基因组为对象,根据该物种的基因表达偏好设计了一个算法,对其PolyA位点进行预测分析.首先,采用k阶核苷酸频率形式和位置权重矩阵形成初始的特征,然后用PCA降低特征空间的维数,得到的数据用机器学习方法进行分析,产生一个较好的分类结果.其中基于支持向量机的实验得到的敏感度(Sp)和ACC分别达到了87.33%和85.14%,这在微孢子虫的PolyA位点预测上取得了较为理想的效果,并为以后机器学习算法在微孢子虫基因预测领域做了很好的尝试.

主 题 词：PolyA信号 微孢子虫 位置权重矩阵 机器学习 

学科分类：0710[理学-生物科学类] 07[理学] 08[工学] 09[农学] 071007[071007] 0901[农学-植物生产类] 0836[0836] 090102[090102] 

D　O　I：10.13718/j.cnki.xdzk.2017.04.021

馆 藏 号：203225703...