基于转录组数据的凡纳滨对虾微卫星标记开发

作     者：杨铭 于洋 张晓军 王全超 刘敬文 李富花 相建海 YANG Ming;YU Yang;ZHANG Xiao-jun;WANG Quan-chao;LIU Jing-wen;LI Fu-hua;XIANG Jian-hai

作者机构：中国科学院海洋研究所实验海洋生物学重点实验室山东青岛266071 福州市海洋与渔业技术中心福建福州350005 中国科学院大学北京100049 

基　　金：国家自然科学基金资助项目(31502161,31672632) 国家“863”高技术研究发展计划资助项目(2012AA10A404)~~ 

出 版 物：《海洋科学》 (Marine Sciences)

年 卷 期：2017年第41卷第2期

页      码：96-102页

摘      要：对虾遗传多样性和育种研究需要大量的分子标记。作者利用凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)转录组测序数据,采用MISA软件进行微卫星序列挖掘,共获得14 767条微卫星序列。统计发现在凡纳滨对虾中微卫星出现的频率为16.76%;在所有的微卫星序列中,2碱基微卫星最多,占59.53%;其次是3碱基微卫星,占35.78%。随机选取其中74条序列设计引物,通过DNA混池扩增和分型的方法进行微卫星标记的开发,PCR扩增的显示有54对(72.97%)能扩增出清晰的目的条带,进一步分型的结果显示27条(36.49%)微卫星显示出多态性,从这些多态性的微卫星位点中选择11个位点在"科海1号"种质库材料中进行个体分型,结果显示在该群体中微卫星标记的等位基因数目为2~11个不等,期望杂合度值为0.256~0.858,观察杂合度为0.213~0.875,多态性信息含量为0.221~0.830,在11个位点中有4个位点显著偏离HWE(P<0.05)。本研究结果为后续使用微卫星标记进行对虾遗传学研究,促进对虾的遗传选育和种质资源保护提供了重要基础。

主 题 词：凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei) 微卫星 转录组 遗传多样性 

学科分类：0908[0908] 09[农学] 

D　O　I：10.11759//hykx20160322002

馆 藏 号：203232955...