黑曲霉α-L-鼠李糖苷酶Rha1的二级结构预测及三级结构模拟

作     者：吴喆瑜 于越 巩建业 李利君 倪辉 WU Zhe-yu;YU Yue;GONG Jian-ye;LI Li-jun;NI Hui

作者机构：集美大学食品与生物工程学院福建厦门361021 

基　　金：国家自然科学基金项目(31371751) 厦门市科技计划项目(3502z20153008) 

出 版 物：《现代食品科技》 (Modern Food Science and Technology)

年 卷 期：2017年第33卷第6期

页      码：62-73,227页

摘      要：本文研究了酶的结构,有利于进一步了解酶的功能,通过对α-L-鼠李糖苷酶Rha1二级结构分析及三级结构模拟,为该酶进行理性设计提供基础。采用GORⅢ、PHD等九个二级结构预测方法对Rha1的二级结构进行分析和预测。结果显示,Rha1二级结构为23.51%α-螺旋,29.77%β-折叠,46.71%无规则卷曲,具有一个与GH78家族相似的(α/α)6桶状结构域及两个β三明治折叠片结构域。利用Swiss-Model以单模板建模的方法构建了Rha1的三维结构模型。根据二级结构的结果,将Rha1分为三个结构域,利用Modeller 9.15以多模板分段建模、结构域拼接的方法构建了该酶的三维结构模型,并对其进行能量最小化优化。利用Ramachandran图以及Verify_3D评估对两种方法构建得到的Rha1的三维结构模型进行评价,其中Swiss-Model构建得到的模型未通过评价,Modeller9.15构建得到的Rha1的三维模型结构合理,通过评价。α-L-鼠李糖苷酶Rha1模型的构建为今后深入研究该酶的结构与功能奠定了基础。

主 题 词：α-L-鼠李糖苷酶 生物信息学 二级结构 同源建模 

学科分类：0710[理学-生物科学类] 0832[0832] 071010[071010] 1004[医学-公共卫生预防医学类] 081704[081704] 07[理学] 08[工学] 0817[工学-轻工类] 

D　O　I：10.13982/j.mfst.1673-9078.2017.6.010

馆 藏 号：203236972...