石斛SSR标记的开发及可转移性分析

作     者：邱道寿 郑希龙 蔡时可 郑锦荣 罗焕明 张蕾 邓瑞云 李武 刘晓津 

作者机构：广东省农业科学院作物研究所广东省农作物遗传改良重点实验室广州510640 

基　　金：广东省社会发展项目(2011A030100002) 广东省部产学研结合项目(2011B090400537) 广东省良种培育和引进项目(粤财农584号粤农计143号) 广东省农科院院长基金项目(201109) 

出 版 物：《植物科学学报》 (Plant Science Journal)

年 卷 期：2013年第31卷第5期

页      码：500-509页

摘      要：当前已开发的石斛（Dendrobium）SSR标记仅100余对，难以满足研究的需要。为开发更多石斛分子标记，本研究通过生物信息学方法从公共核酸数据库搜索石斛SSR。结果表明，GenBank收录的3599条石斛DNA序列经拼接获得1343条Uni—DNA序列。经搜索，共检测出283个SSR，分布于205条Uni—DNA序列，平均每2815bp含一个SSR。通过序列比对，剔除86条已开发引物的SSR—DNA序列，从剩余的119条序列设计76对引物，并在石斛属32个种间进行可转移性分析，结果显示47对引物得到有效扩增，种间可转移率为51．1％N95．7％，平均为75．9％。有效扩增引物中有46对在石斛种间具多态性，检测出等位基因数2～8个，平均4．0个。选取10对多态性引物扩增60份铁皮石斛资源，每对引物检测出等位基因数2～5个，平均3．4个。根据SSR扩增带型将60份铁皮石斛资源聚为5大类，同一类型内的表型较类群间接近。对DMl21扩增产物测序表明铁皮石斛种内的SSR等位变异由SSR重复次数差异造成，而石斛种间的SSR等位变异还包含SSR位点侧翼序列的插入缺失以及替换。

主 题 词：石斛 SSR 开发 可转移性 多态性 

学科分类：0710[理学-生物科学类] 071001[071001] 07[理学] 

核心收录：

D　O　I：10.3724/SP.J.1142.2013.50500

馆 藏 号：203242733...