11种植物psbA基因的密码子偏好性及聚类分析

作     者：晁岳恩 吴政卿 杨会民 何宁 杨攀 

作者机构：河南省农科院小麦研究中心/河南省小麦生物学重点实验室河南郑州450002 

基　　金：农业部转基因生物新品种培育科技重大专项(2009ZX08002-002B和2009ZX08002-014B) 

出 版 物：《核农学报》 (Journal of Nuclear Agricultural Sciences)

年 卷 期：2011年第25卷第5期

页      码：927-932页

摘      要：植物叶绿体psbA基因的启动子是叶绿体基因工程中常用的启动子,研究该基因的编码特点对完善叶绿体基因工程的研究设计、提高外源基因在受体物种中高效、稳定的表达具有重要作用。本研究综合运用了多种分析软件,对11种植物的叶绿体psbA基因进行了分析。结果表明,11种植物psbA基因的ENC(Effective Number of Codons)值都小于40,显示出了明显的密码子偏好性,即在碱基组成上偏爱以C结尾的密码子。RSCU(Relative Synonymous Codon Usage)值表明共有20个密码子在编码使用上具有偏好性,其中有8个表现出较强的偏好性;另有12个密码子在psbA中出现率极低或没有出现。在聚类分析中,基于密码子偏好性参数RSCU的聚类不能正确反映物种间的进化关系,而基于基因序列的聚类更适合作为系统发育分析的参考。

主 题 词：psbA基因 密码子偏好性 聚类分析 

学科分类：09[农学] 0903[农学-动物生产类] 

核心收录：

馆 藏 号：203248391...