广州检出星状病毒4型的全基因组序列测定及分析

作     者：朱冰 钟家禹 李潇 陈翊 林涛 吴灶和 周荣 龚四堂 ZHU Bing;ZHONG Jia-yu;LI Xiao;CHEN Yi;LIN Tao;WU Zao-he;ZHOU Rong;GONG Si-tang

作者机构：广州市儿童医院510120 中国科学院南海海洋研究所 

基　　金：广州市科技局重大项目资助(2005Z1-E0114) 广州市卫生局重点项目资助(2004Z007) 

出 版 物：《中华微生物学和免疫学杂志》 (Chinese Journal of Microbiology and Immunology)

年 卷 期：2006年第26卷第10期

页      码：926-928页

摘      要：目的探讨广州地区儿童感染的星状病毒基因组分子结构特点和基因型。方法参考GenBank上的星状病毒基因组设计分段扩增引物,进行RT-PCR分段扩增星状病毒基因组,克隆于T载体上,序列测定,用Clustal W和DNAStar软件分析基因组序列。结果星状病毒HASTVgz01全基因组为6721bp,提交到GenBank上的序列号为DQ344027,其中5′端非编码区(5′UTR)长82bp,3′端非编码区末端长81bp,病毒基因组编码区全长6558个核苷酸,分别编码ORF1a、ORF1b、ORF2,ORF1a基因长2763bp(83～2845nt),ORF1b基因长1557bp(2785～4332nt),其中ORF1a、ORF1b两基因有71个核苷酸的重叠区；ORF2全长2316nt,位于基因组中4325～6640nt。ASTVgz01与GenBank中8种基因型星状病毒的ORF2基因氨基酸序列同源性比较发现,HASTVgz01与4型的同源性为93％,其他的同源性在61％～70％之间。结论广州地区儿童腹泻感染的星状病毒HASTVgz01全基因组为6721 bp,GenBank序列号为DQ344027,HASTVgz01与4型星状病毒的ORb2基因氨基酸序列比较同源性为最高,确认HASTVgz01是4型星状病毒。

主 题 词：星状病毒 基因组 4型基因型 序列分析 

学科分类：0710[理学-生物科学类] 1007[医学-药学类] 100705[100705] 1002[医学-临床医学类] 1001[医学-基础医学] 100103[100103] 10[医学] 

核心收录：

D　O　I：10.3760/j:issn:0254-5101.2006.10.016

馆 藏 号：203250449...