肠道细菌乳糖酶基因多样性分析通用引物

作     者：龙承星 贺璐 刘又嘉 惠华英 谭周进 李丹丹 LONG Chengxing;HE Lu;LIU Youjia;HUI Huaying;TAN Zhoujin;LI Dandan

作者机构：湖南中医药大学长沙410208 湖南人文科技学院数学与金融学院娄底417000 

基　　金：国家自然科学基金项目(81573951)资助 

出 版 物：《应用与环境生物学报》 (Chinese Journal of Applied and Environmental Biology)

年 卷 期：2017年第23卷第4期

页      码：758-763页

摘      要：为深入研究肠道细菌乳糖酶基因多样性,根据NCBI公布的细菌乳糖酶基因[Beta-galactosidase(lac Z)]序列,利用软件Primer Premier 5.0前后设计合成7对通用引物,经过PCR扩增、宏基因组测序和生物信息学分析进行引物筛选.PCR扩增电泳中,436R、375R、217R和406R四对引物没有扩增出目的片段,436、324和194三对引物均有目的条带扩出.内容物样品扩增,436引物条带最清晰,灵敏性高,324和194引物条带质量相差不大;粘膜样品扩增,324引物均扩增出目的条带,条带清晰明亮.436引物只扩增出一个样品的目的条带,灵敏度较差;194引物扩增杂带多,特异性差.样品序列统计方面,删除宿主序列信息后,内容物样品中,194、324和436三对引物最终序列比例均达98%以上;粘膜样品中,194引物特异性最差,436引物最好,324引物居中.OTU聚类和注释方面,内容物样品中,324引物扩增物种也较436引物多;粘膜样品中,324引物能聚类最多的物种.Alpha多样性方面,内容物样品中,324引物的Chao1、ACE、Simpson、Shannon指数较436引物大,436引物的Simpson、Shannon指数较194引物大;粘膜样品中,324引物的Chao1、ACE、Simpson、Shannon指数均较436引物大.综合分析,对肠道内容物和肠道粘膜细菌乳糖酶基因多样性研究选用324通用引物最佳.

主 题 词：细菌乳糖酶 通用引物 Miseq宏基因组测序 PCR扩增 功能基因 肠道微生物 

学科分类：0710[理学-生物科学类] 07[理学] 071007[071007] 

核心收录：

D　O　I：10.3724/SP.J.1145.2016.10008

馆 藏 号：203262244...