罗勒花和叶的转录组数据组装及基因功能注释

作     者：刘雷 赵欢 冉茂中 杜保国 邵镪钎 伍希来 贾白慧 查英 LIU Lei;ZHAO Huan;RAN Mao-zhong;DU Bao-guo;SHAO Qiang-qian;WU Xi-lai;JIA Bai-hui;ZHA Ying

作者机构：绵阳师范学院生命科学与技术学院四川绵阳621000 西华师范大学生命科学院四川南充637009 南充职业技术学院农业科学技术系四川南充637131 

基　　金：四川省科技厅科技支撑计划项目(2016NZ0058) 四川省教育厅重点科研项目(16ZA0323) 2016年地方高校国家级大学生创新创业训练计划项目(201610639002 201610639014) 

出 版 物：《中草药》 (Chinese Traditional and Herbal Drugs)

年 卷 期：2017年第48卷第17期

页      码：3612-3618页

摘      要：目的系统了解罗勒Ocimum basilicum花和叶的转录组特征,丰富罗勒转录组数据信息。方法选取罗勒新鲜花朵和叶片为材料,利用Illumina Hi SeqTM 2500进行高通量测序,构建罗勒花和叶转录组文库,并用测序评估、转录组数据组装和基因功能注释等生物信息学方法进行分析。结果对原始数据进行除杂之后,共获得86 331 137个reads片段,包含了6 455 365 309个核苷酸序列信息;将质控后得到的高质量序列进行de novo拼接,得到了90 341个Unigene片段。将Unigene与COG数据库进行比对表明,罗勒的花和叶转录组中的Unigene根据功能可大致分为25类;根据GO功能分类可大致分为生物过程、细胞组分和分子功能3大类43分支;利用KEGG数据库作为参考,依据代谢通路可以将转录组中的数据分成111类,包括生化代谢通路、植物病原体互作、DNA剪切、植物激素生物合成、苯丙氨酸生物合成、萜类化合物与类固醇类化合物合成、脂类代谢、RNA降解等。MISA软件成功设计15 617对SSR引物,检测到10 254个SNP位点。结论研究结果为后期罗勒功能基因的挖掘、代谢途径及调控机制的研究奠定了理论基础。

主 题 词：罗勒 转录组 功能基因 代谢通路 萜类化合物 

学科分类：0710[理学-生物科学类] 1008[医学-中药学类] 1007[医学-药学类] 1006[医学-中西医结合类] 1005[医学-中医学类] 1002[医学-临床医学类] 0703[理学-化学类] 100602[100602] 10[医学] 

核心收录：

D　O　I：10.7501/j.issn.0253-2670.2017.17.025

馆 藏 号：203262813...