香菇EST-SSR标记的开发及应用

作     者：刘春滟 李南羿 张玉琼 LIU Chunyan;LI Nanyi;ZHANG Yuqiong

作者机构：安徽农业大学生命科学院安徽合肥230036 浙江林学院农业与食品学院浙江临安311300 

基　　金：上海市农业遗传育种重点实验室开放课题"香菇EST-SSR标记的开发 鉴定及其在种质资源多样性分析中的应用"(编号:shagb2009-03)的部分研究内容 

出 版 物：《食用菌学报》 (Acta Edulis Fungi)

年 卷 期：2010年第17卷第2期

页      码：1-6页

摘      要：从NCBI中下载了12 184条香菇（Lentinula edodes）表达序列标签（expressed sequence tag,EST）序列,处理后得到全长3 681 177 bp的4 684个Unigene。在其中共发掘出142个简单重复序列（simple sequencerepeat,SSR）,分布于120条EST中,分布频率为2.99%（平均分布距离：25.924 kb）。其中,单、二、三核苷酸重复是主要的重复类型,A/T,AG/CT,ACG/CTG是单、二、三核苷酸的主要重复基序,分别占所有EST-SSR的23.23%、21.83%和10.56%。利用引物设计软件PrimerPremier5.0设计了40对引物,并利用6%变性聚丙烯酰胺凝胶在18个香菇品种中进行检测。其中,22对引物为多态性引物,多态率为55%。应用NTSYS软件的聚类方法分析表明,18份材料遗传相似系数范围为0.375-0.984,与前人研究结果相符。

主 题 词：香菇 EST序列 SSR标记 多态性 遗传多样性 

学科分类：09[农学] 0902[农学-自然保护与环境生态类] 090202[090202] 

D　O　I：10.3969/j.issn.1005-9873.2010.02.001

馆 藏 号：203264980...