基于高通量测序的红豆杉EST-SSRs标记研究

作     者：吴琼 段小群 陈旭 肖培根 

作者机构：桂林医学院药学院广西桂林541004 中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所北京100193 

出 版 物：《中国中药杂志》 (China Journal of Chinese Materia Medica)

年 卷 期：2012年第37卷第24期

页      码：3728-3733页

摘      要：目的:利用高通量测序,对红豆杉Taxus cuspidata转录组进行EST-SSRs发掘和研究。方法:提取红豆杉叶片cDNA,应用454 GS FLX Titanium测序,采用Newbler Assembler Software软件对序列(high-quality sequences)进行从头拼接,获得一致性序列(unique sequences)。用Simple Sequence Repeat Identification Tool(Perl Script)对一致性序列进行分析,检索SSRs模体;采用PRIMER3设计扩增引物。结果:高通量测序获得红豆杉81 148条ESTs,经拼接得到20 557条unique se-quences,从中发现了753个EST-SSRs。依据其邻近序列设计引物,共有519条EST-SSRs获得了扩增引物。在红豆杉EST-SSRs中随机挑选序列构建小样本,克隆测序结果表明87.5%的序列与Sanger测序结果一致。结论:首次获得了红豆杉属EST-SSRs,为红豆杉的种质资源培育、功能基因及基因组差异研究奠定了基础。

主 题 词：东北红豆杉 EST—SSRs标记 高通量测序 表达序列标签 

学科分类：1007[医学-药学类] 1005[医学-中医学类] 1004[医学-公共卫生预防医学类] 1002[医学-临床医学类] 0907[农学-草药学] 1001[医学-基础医学] 08[工学] 0829[工学-安全科学与工程类] 09[农学] 

核心收录：

D　O　I：10.4268/cjcmm20122410

馆 藏 号：203265846...