寒兰转录组SSR信息分析及其分子标记开发

作     者：张亚楠 杨柏云 熊冬金 罗火林 ZHANG Yanan;YANG Boyun;XIONG Dongjin;LUO Huolin

作者机构：南昌大学生命科学学院江西省植物资源重点实验室江西南昌330031 

基　　金：国家自然科学基金资助项目(31360491) 江西省博士后基金(2014KY40) 

出 版 物：《南昌大学学报（理科版）》 (Journal of Nanchang University(Natural Science))

年 卷 期：2017年第41卷第3期

页      码：249-254页

摘      要：寒兰(Cymbidium kanran)是中国传统名花,其观赏与经济价值极高。简单重复序列(simple sequence repeats,SSR),又名微卫星标记,有多态性高,非共显性等优势。基于转录组数据对SSR标记的开发具有经济效能高等优点,通过高通量测序平台对寒兰EST-SSR标记进行开发,了解其在转录组序列中的分布类型及特性,为寒兰的SSR多样性的分析及遗传图谱构建奠定基础。通过MISA程序筛选寒兰转录组测序得到的68699条unigene(序列总长60.06 Mb),并分析了其SSR位点分布情况,获得了9837个SSR位点,在总unigene的比例为14.32%,平均每6.25kb出现1个SSR。SSR位点中二核苷酸重复频率达到最高,占55.22%,其中AG/CT高达38.83%;接下来为三、单核苷酸重复,频率依次为25.37%和14.49%。利用Primer3共设计出6017对SSR引物。随机选取141对引物进行PCR扩增,有79对引物扩增得到的条带清晰可重复,15对在15个不同地区寒兰中表现出多态性。结果表明,本研究中设计的SSR引物在寒兰遗传多样性分析中具有较高的适用性,可用于寒兰的遗传研究。

主 题 词：寒兰 SSR 转录组 多态性 

学科分类：0710[理学-生物科学类] 071001[071001] 07[理学] 

D　O　I：10.13764/j.cnki.ncdl.2017.03.010

馆 藏 号：203274795...