云芝全基因组SSR位点分布及比较分析

作     者：曹云 张延召 程抒劼 沈文静 宁露 徐海根 CAO Yun;ZHANG Yan-Zhao;CHENG Shu-Jie;SHEN Wen-Jing;NING Lu;XU Hai-Gen

作者机构：南京大学生命科学学院江苏南京210093 环境保护部南京环境科学研究所国家环境保护生物安全重点实验室江苏南京210042 洛阳师范学院生命科学学院河南洛阳471934 中国药科大学工学院江苏南京211198 

基　　金：国家自然科学基金(31500455) 中国博士后面上基金(2015M571663) 国家重点研发计划(2016YFC1202103) 环保部公益性行业科研专项(201409061)~~ 

出 版 物：《菌物学报》 (Mycosystema)

年 卷 期：2017年第36卷第11期

页      码：1524-1542页

摘      要：本研究采用生物信息学方法统计分析了云芝基因组中SSR位点的数量、分布及频率等信息,对云芝基因组中含SSR的基因进行了功能注释,与其他5种伞菌纲真菌(双孢蘑菇、黑管孔菌、红缘拟层孔菌、金针菇和鲜红密孔菌)基因组进行了比较。结果发现云芝基因组中共有1 224个SSR位点,相对丰度为27个/Mb,三核苷酸重复类型分布最频繁。其中编码基因序列中包含299个SSR,仅次于基因间区,但是在非编译区、基因间区和内含子中SSR分布更加频繁。通过与nr数据库比对,485个含SSR的基因获得注释,其中115个基因通过GO注释到分子功能、生物进程及细胞组分3类中,108个基因通过KEGG注释到新陈代谢、遗传信息处理、细胞过程和环境信息处理4类中。设计58对引物主要用于物种鉴定,另外23对引物主要用于活性物质代谢研究和辅助育种。与其他伞菌纲真菌相比,云芝所含SSR的数量及相对丰度较低,并证明SSR数量与基因组大小无关,而某些特定的重复类型与GC含量有关。本研究为云芝的种群遗传学及进化研究奠定了理论基础。

主 题 词：微卫星 简单序列重复 多孔菌目 伞菌纲 

学科分类：1008[医学-中药学类] 10[医学] 

核心收录：

D　O　I：10.13346/j.mycosystema.170076

馆 藏 号：203279962...