基于RAD-seq数据开发烟草多态性SSR标记

作     者：李海洋 李荣华 夏岩石 袁清华 张振臣 赵伟才 郭培国 LI Haiyang;LI Ronghua;XIA Yanshi;YUAN Qinghua;ZHANG Zhenchen;ZHAO Weicai;GUO Peiguo

作者机构：广州大学生命科学学院广州510006 广东省农业科学院作物研究所广州510640 广东省烟草南雄科学研究所广东南雄512400 

基　　金：广东省烟草专卖局(公司)科技计划项目"烟草抗青枯病育种及分子标记辅助选择研究"(201403) "优良烤烟品种(系)的青枯病抗性定向改良研究"(201702) 中国烟草总公司科技计划面上项目"烟草SSR标记的开发与青枯病抗性材料的鉴定筛选"{201119} 

出 版 物：《中国烟草科学》 (Chinese Tobacco Science)

年 卷 期：2018年第39卷第1期

页      码：1-9页

摘      要：采用RAD-seq技术对两份烟草材料"118-3"和"粤烟98"进行简化基因组测序,分别获得45 119 346和50 360 738个高质量干净读长(HQ clean reads)。通过序列分析,在22 145个reads覆盖的参考基因组序列中共检测到25 343个SSR位点,其中以二和三核苷酸重复基序最为丰富,占总SSR位点的71.59%;除单核苷酸类型外,SSR基序的重复次数主要集中在4~9之间。根据SSR位点两翼的序列,利用Primer 3.0成功设计出23 346对SSR引物,引物设计的成功率为92.12%。依据测序数据初步发现这些SSR中有323个(1.38%)SSR在两份测序材料间具有多态性,随机选择其中50个SSR在4份烟草材料中进行验证,结果发现在两份测序材料间的多态率为76%,存在24%的假阳性;在另两份烟草材料中多态率为20%。研究结果表明,利用简化基因组测序技术能够开发大量SSR标记和发现样品间具有多态性的SSR标记,可为SSR标记的开发和应用提供基础。

主 题 词：烟草 RAD-seq SSR标记 多态性 

学科分类：09[农学] 0901[农学-植物生产类] 

核心收录：

D　O　I：10.13496/j.issn.1007-5119.2018.01.001

馆 藏 号：203283244...