桂花LTR类反转录转座子RT序列的克隆及分析

作     者：王庆竹 李慧平 文晓鹏 范付华 WANG Qingzhu1,2, LI Huiping2, WEN Xiaopeng2, and FAN Fuhua1,3

作者机构：贵州大学林学院贵阳550025 贵州大学贵州省农业生物工程重点实验室贵阳550025 贵州大学贵州省森林资源与环境研究中心贵阳550025 

基　　金：贵州省联合基金项目(黔科合LH字7258) 贵州大学2017年度学术新苗培养及创新探索专项(黔科合平台人才5788) 贵州大学研究生创新基金项目(研农2017016) 

出 版 物：《园艺学报》 (Acta Horticulturae Sinica)

年 卷 期：2018年第45卷第2期

页      码：309-320页

摘      要：克隆获得桂花Ty1-copia和Ty3-gypsy类反转录转座子反转录酶(reverse transcriptase,RT)序列,并对其序列变化特点进行分析,以期为桂花基因组进化和多样性研究提供依据。根据Ty1-copia和Ty3-gypsy类反转录转座子RT保守区设计简并引物,以桂花叶片基因组DNA为模板,通过PCR扩增,分别得到260和430 bp左右的目标条带,经回收、克隆、测序及相关生物信息学软件进行序列分析后,获得49条Ty1-copia类反转录转座子RT序列和20条Ty3-gypsy类反转录转座子RT序列。通过核苷酸聚类,Ty1-copia类反转录转座子RT序列分为4类。这些序列长度为255~271 bp,序列相似性为32.0%~96.9%。翻译成氨基酸后,有2条序列出现移码突变,16条序列出现终止密码子突变。Ty3-gypsy类反转录转座子RT序列也分为4类。序列长度为408~449 bp,相似性为54.7%~98.8%。有8条序列发生移码突变,10条序列发生终止密码子突变。经反转录转座子RT氨基酸序列比对,桂花与梅花、李、枣等可能有共同的起源。桂花Ty1-copia和Ty3-gypsy类反转录转座子RT序列具有高度异质性;系统进化树分析表明,桂花与不同物种间可能存在反转录转座子的横向传递。

主 题 词：桂花 反转录转座子 Ty1-copia Ty3-gypsy 反转录酶 异质性 

学科分类：0710[理学-生物科学类] 090706[090706] 0907[农学-草药学] 09[农学] 0901[农学-植物生产类] 0902[农学-自然保护与环境生态类] 0834[0834] 

核心收录：

D　O　I：10.16420/j.issn.0513-353x.2017-0310

馆 藏 号：203284702...